Origin IGS: tagtccttgtgaatatattctcgattaaaattggaattgatttacatgtaattcgatatttggtttttgtttgctaagaagggttagtatatccgctttttgaaattaatagttgtatttttttatttatacaaatggcttgagagggagaataggagtgtaaagtttttatatttacgttgttctgataagtaattcaagaaaattacttttaatgacaataattctcggatcccaatgtattttccagtattagcatcaatgataagtgtgttggaggttgaaaattggctattaattataaaatttttccaagtataatttctttaatagtgtgtaaatttcattttttgctaatttgcttatgtgtggtgcgatagtcctggtggtgagaatgttaaaggttggataagatattccaagggaatttatgtctatatattcgcaataaacactttctgttttgttatttattgtgatagctttattatcctcaatcgaattctgaacctttatatagcaattaaatttgtgtgatttaatgt .........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9 acattaaatcacacaaatttaattgctatataaaggttcagaattcgattgaggataataaagctatcacaataaataacaaaacagaaagtgtttattgcgaatatatagacataaattcccttggaatatcttatccaacctttaacattctcaccaccaggactatcgcaccacacataagcaaattagcaaaaaatgaaatttacacactattaaagaaattatacttggaaaaattttataattaatagccaattttcaacctccaacacacttatcattgatgctaatactggaaaatacattgggatccgagaattattgtcattaaaagtaattttcttgaattacttatcagaacaacgtaaatataaaaactttacactcctattctccctctcaagccatttgtataaataaaaaaatacaactattaatttcaaaaagcggatatactaacccttcttagcaaacaaaaaccaaatatcgaattacatgtaaatcaattccaattttaatcgagaatatattcacaaggacta Mask Tandem Repeat Region ================================================ tagtccttgtgaatatattctcgattaaaattggaattgatttacatgtaattcgatatttggtttttgtttgctaagaagggttagtatatccgctttttgaaattaatagttgtatttttttatttatacaaatggcttgagagggagaataggagtgtaaagtttttatatttacgttgttctgataagtaattcaagaaaattacttttaatgacaataattctcggatcccaatgtattttccagtattagcatcaatgataagtgtgttggaggttgaaaattggctattaattataaaatttttccaagtataatttctttaatagtgtgtaaatttcattttttgctaatttgcttatgtgtggtgcgatagtcctggtggtgagaatgttaaaggttggataagatattccaagggaatttatgtctatatattcgcaataaacactttctgttttgttatttattgtgatagctttattatcctcaatcgaattctgaacctttatatagcaattaaatttgtgtgatttaatgt Find is-nt database================================================ Query_seq: TF1106:TF1107|TF1106:TF1107:conserved hypothetical protein:ABC transporter ATP-binding/permease component, bacteriocin/lantibiotic exporter:->->:1175887..1176431 545 tagtccttgtgaatatattctcgattaaaattggaattgatttacatgtaattcgatatttggtttttgtttgctaagaagggttagtatatccgctttttgaaattaatagttgtatttttttatttatacaaatggcttgagagggagaataggagtgtaaagtttttatatttacgttgttctgataagtaattcaagaaaattacttttaatgacaataattctcggatcccaatgtattttccagtattagcatcaatgataagtgtgttggaggttgaaaattggctattaattataaaatttttccaagtataatttctttaatagtgtgtaaatttcattttttgctaatttgcttatgtgtggtgcgatagtcctggtggtgagaatgttaaaggttggataagatattccaagggaatttatgtctatatattcgcaataaacactttctgttttgttatttattgtgatagctttattatcctcaatcgaattctgaacctttatatagcaattaaatttgtgtgatttaatgt Intra-Species Hit: Count: 0 Inter-species Hit: Count: 0 Find is-aa database================================================ Query_seq: TF1106:TF1107|TF1106:TF1107:conserved hypothetical protein:ABC transporter ATP-binding/permease component, bacteriocin/lantibiotic exporter:->->:1175887..1176431 545 tagtccttgtgaatatattctcgattaaaattggaattgatttacatgtaattcgatatttggtttttgtttgctaagaagggttagtatatccgctttttgaaattaatagttgtatttttttatttatacaaatggcttgagagggagaataggagtgtaaagtttttatatttacgttgttctgataagtaattcaagaaaattacttttaatgacaataattctcggatcccaatgtattttccagtattagcatcaatgataagtgtgttggaggttgaaaattggctattaattataaaatttttccaagtataatttctttaatagtgtgtaaatttcattttttgctaatttgcttatgtgtggtgcgatagtcctggtggtgagaatgttaaaggttggataagatattccaagggaatttatgtctatatattcgcaataaacactttctgttttgttatttattgtgatagctttattatcctcaatcgaattctgaacctttatatagcaattaaatttgtgtgatttaatgt Intra-Species Hit: Count: 0 Inter-species Hit: Count: 0 Find nr database================================================ Query_seq: TF1106:TF1107|TF1106:TF1107:conserved hypothetical protein:ABC transporter ATP-binding/permease component, bacteriocin/lantibiotic exporter:->->:1175887..1176431 545 tagtccttgtgaatatattctcgattaaaattggaattgatttacatgtaattcgatatttggtttttgtttgctaagaagggttagtatatccgctttttgaaattaatagttgtatttttttatttatacaaatggcttgagagggagaataggagtgtaaagtttttatatttacgttgttctgataagtaattcaagaaaattacttttaatgacaataattctcggatcccaatgtattttccagtattagcatcaatgataagtgtgttggaggttgaaaattggctattaattataaaatttttccaagtataatttctttaatagtgtgtaaatttcattttttgctaatttgcttatgtgtggtgcgatagtcctggtggtgagaatgttaaaggttggataagatattccaagggaatttatgtctatatattcgcaataaacactttctgttttgttatttattgtgatagctttattatcctcaatcgaattctgaacctttatatagcaattaaatttgtgtgatttaatgt Intra-Species Hit: Count: 0 Inter-species Hit: Count: 0 tagtccttgtgaatatattctcgattaaaattggaattgatttacatgtaattcgatatttggtttttgtttgctaagaagggttagtatatccgctttttgaaattaatagttgtatttttttatttatacaaatggcttgagagggagaataggagtgtaaagtttttatatttacgttgttctgataagtaattcaagaaaattacttttaatgacaataattctcggatcccaatgtattttccagtattagcatcaatgataagtgtgttggaggttgaaaattggctattaattataaaatttttccaagtataatttctttaatagtgtgtaaatttcattttttgctaatttgcttatgtgtggtgcgatagtcctggtggtgagaatgttaaaggttggataagatattccaagggaatttatgtctatatattcgcaataaacactttctgttttgttatttattgtgatagctttattatcctcaatcgaattctgaacctttatatagcaattaaatttgtgtgatttaatgt Predict ORF larger than 30AA ================================================ Protein_Len: 34 Strand: + Start: 91 End: 192 .......................................................................................... M R F L K L I V V F F Y L Y K W L E R E N R S V K F L Y L R C S D K ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. Protein_Len: 38 Strand: + Start: 205 End: 318 ............................................................................................................................................................................................................ M T F N D N N S R I P M Y F P V L A S M I S V L E V E N W L L I I K F F Q V ................................................................................................................................................................................................................................... Protein_Len: 30 Strand: + Start: 288 End: 377 ............................................................................................................................................................................................................................................................................................... M A I N Y K I F P S I I S L I V C K F H F L L I C L C V V R ........................................................................................................................................................................ Protein_Len: 56 Strand: + Start: 367 End: 534 .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. M W C D S P G G E N V K G W I R Y S K G I Y V Y I F A I N T F C F V I Y C D S F I I L N R I L N L Y I A I K F V ........... Protein_Len: 60 Strand: - Start: 298 End: 543 ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................... I H P A I T R T T L I N F T P Y S I G L S N I D I Y E C Y V S E T K N N I T I A K N D E I S N Q V K I Y C N F K H S K M .. Protein_Len: 59 Strand: - Start: 126 End: 302 ............................................................................................................................. K Y L H S S L S F L L T F N K Y K R Q E S L Y N L F I V K L S L L E R I G I Y K G T N A D I I L T N S T S F Q S N I M ................................................................................................................................................................................................................................................... Protein_Len: 40 Strand: - Start: 77 End: 196 ............................................................................ S P N T Y G S K S I L L Q I K K N I C I A Q S P S Y S H L T K I N V N N Q Y T M ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. tagtccttgtgaatatattctcgattaaaattggaattgatttacatgtaattcgatatttggtttttgtttgctaagaagggttagtatatccgctttttgaaattaatagttgtatttttttatttatacaaatggcttgagagggagaataggagtgtaaagtttttatatttacgttgttctgataagtaattcaagaaaattacttttaatgacaataattctcggatcccaatgtattttccagtattagcatcaatgataagtgtgttggaggttgaaaattggctattaattataaaatttttccaagtataatttctttaatagtgtgtaaatttcattttttgctaatttgcttatgtgtggtgcgatagtcctggtggtgagaatgttaaaggttggataagatattccaagggaatttatgtctatatattcgcaataaacactttctgttttgttatttattgtgatagctttattatcctcaatcgaattctgaacctttatatagcaattaaatttgtgtgatttaatgt Predict Promoter with matrix: RpoD-15 score > 80================================================ Predict Promoter with matrix: RpoD-16 score > 80================================================ Predict Promoter with matrix: RpoD-17 score > 80================================================ Predict Promoter with matrix: RpoD-18 score > 80================================================ Predict Promoter with matrix: RpoD-19 score > 80================================================ Predict Promoter with matrix: RpoN score > 80================================================ tagtccttgtgaatatattctcgattaaaattggaattgatttacatgtaattcgatatttggtttttgtttgctaagaagggttagtatatccgctttttgaaattaatagttgtatttttttatttatacaaatggcttgagagggagaataggagtgtaaagtttttatatttacgttgttctgataagtaattcaagaaaattacttttaatgacaataattctcggatcccaatgtattttccagtattagcatcaatgataagtgtgttggaggttgaaaattggctattaattataaaatttttccaagtataatttctttaatagtgtgtaaatttcattttttgctaatttgcttatgtgtggtgcgatagtcctggtggtgagaatgttaaaggttggataagatattccaagggaatttatgtctatatattcgcaataaacactttctgttttgttatttattgtgatagctttattatcctcaatcgaattctgaacctttatatagcaattaaatttgtgtgatttaatgt Predict TransTerm conf > 70================================================ TransTerm Strand: + Conf: 55 HP_score: -2.8 Tail_Score: -4.26076 Start: 192 End: 209 Full_Region: ACGTTGTTCTGATAA GTAATT CAAGAA AATTAC TTTTAATGACAATAA ...............................................................................................................................................................................................GTAATTCAAGAAAATTAC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ Find igs database================================================ Query_seq: TF1106:TF1107|TF1106:TF1107:conserved hypothetical protein:ABC transporter ATP-binding/permease component, bacteriocin/lantibiotic exporter:->->:1175887..1176431 545 tagtccttgtgaatatattctcgattaaaattggaattgatttacatgtaattcgatatttggtttttgtttgctaagaagggttagtatatccgctttttgaaattaatagttgtatttttttatttatacaaatggcttgagagggagaataggagtgtaaagtttttatatttacgttgttctgataagtaattcaagaaaattacttttaatgacaataattctcggatcccaatgtattttccagtattagcatcaatgataagtgtgttggaggttgaaaattggctattaattataaaatttttccaagtataatttctttaatagtgtgtaaatttcattttttgctaatttgcttatgtgtggtgcgatagtcctggtggtgagaatgttaaaggttggataagatattccaagggaatttatgtctatatattcgcaataaacactttctgttttgttatttattgtgatagctttattatcctcaatcgaattctgaacctttatatagcaattaaatttgtgtgatttaatgt Intra-Species Hit: Count: 1 Min: 1 Max: 545 Len: 545 Subject: tfor_TF1106_TF1107|conserved hypothetical protein:ABC transporter ATP-binding/permease component, bacteriocin/lantibiotic exporter|POSITIVE:POSITIVE|[1175887,1176431]|545 HSP 1 e-value: 0.0 bit: 1039.0 Len: 545 Query Start:1 Query End:545 Subject Strand: POSITIVE Subject Start: 1 Subject End: 545 tagtccttgtgaatatattctcgattaaaattggaattgatttacatgtaattcgatatttggtttttgtttgctaagaagggttagtatatccgctttttgaaattaatagttgtannnnnnnatttatacaaatggcttgagagggagaataggagtgtaaagtttttatatttacgttgttctgataagtaattcaagaaaattacttttaatgacaataattctcggatcccaatgtattttccagtattagcatcaatgataagtgtgttggaggttgaaaattggctattaattataaaatttttccaagtataatttctttaatagtgtgtaaatttcattttttgctaatttgcttatgtgtggtgcgatagtcctggtggtgagaatgttaaaggttggataagatattccaagggaatttatgtctatatattcgcaataaacactttctgttttgttatttattgtgatagctttattatcctcaatcgaattctgaacctttatatagcaattaaatttgtgtgatttaatgt tagtccttgtgaatatattctcgattaaaattggaattgatttacatgtaattcgatatttggtttttgtttgctaagaagggttagtatatccgctttttgaaattaatagttgtatttttttatttatacaaatggcttgagagggagaataggagtgtaaagtttttatatttacgttgttctgataagtaattcaagaaaattacttttaatgacaataattctcggatcccaatgtattttccagtattagcatcaatgataagtgtgttggaggttgaaaattggctattaattataaaatttttccaagtataatttctttaatagtgtgtaaatttcattttttgctaatttgcttatgtgtggtgcgatagtcctggtggtgagaatgttaaaggttggataagatattccaagggaatttatgtctatatattcgcaataaacactttctgttttgttatttattgtgatagctttattatcctcaatcgaattctgaacctttatatagcaattaaatttgtgtgatttaatgt Inter-species Hit: Count: 0 Predict Forward Strand Minimun Free Energy by RNAFold (ViennaRNA) ================================================ UAGUCCUUGUGAAUAUAUUCUCGAUUAAAAUUGGAAUUGAUUUACAUGUAAUUCGAUAUUUGGUUUUUGUUUGCUAAGAAGGGUUAGUAUAUCCGCUUUUUGAAAUUAAUAGUUGUAUUUUUUUAUUUAUACAAAUGGCUUGAGAGGGAGAAUAGGAGUGUAAAGUUUUUAUAUUUACGUUGUUCUGAUAAGUAAUUCAAGAAAAUUACUUUUAAUGACAAUAAUUCUCGGAUCCCAAUGUAUUUUCCAGUAUUAGCAUCAAUGAUAAGUGUGUUGGAGGUUGAAAAUUGGCUAUUAAUUAUAAAAUUUUUCCAAGUAUAAUUUCUUUAAUAGUGUGUAAAUUUCAUUUUUUGCUAAUUUGCUUAUGUGUGGUGCGAUAGUCCUGGUGGUGAGAAUGUUAAAGGUUGGAUAAGAUAUUCCAAGGGAAUUUAUGUCUAUAUAUUCGCAAUAAACACUUUCUGUUUUGUUAUUUAUUGUGAUAGCUUUAUUAUCCUCAAUCGAAUUCUGAACCUUUAUAUAGCAAUUAAAUUUGUGUGAUUUAAUGU .......(((((((..((((.((((....))))))))..))))))).....(((((..((((((........))))))..((((......)))).....)))))......................((((((((((.(((..(((((.(((((((((..((((((((..(((((..((((.(((((...((((((((......))))))))....(((((....((((((....(((.........((((.((((((((((...(((((((.((((((((.(((((.(((((((((((.....(((((...........)))))..))))))))...))).)))))...))).))))).)))))))...))))))..)))).))))))))))))))))))....(((((........))))).)))))..))))..))))).((((((((((.((..........))..)))))))))).))))))))..)))).......)))))...)))))....)))......))))))))))........ (-105.61) Predict Reverse Strand Minimun Free Energy by RNAFold (ViennaRNA) ================================================ ACAUUAAAUCACACAAAUUUAAUUGCUAUAUAAAGGUUCAGAAUUCGAUUGAGGAUAAUAAAGCUAUCACAAUAAAUAACAAAACAGAAAGUGUUUAUUGCGAAUAUAUAGACAUAAAUUCCCUUGGAAUAUCUUAUCCAACCUUUAACAUUCUCACCACCAGGACUAUCGCACCACACAUAAGCAAAUUAGCAAAAAAUGAAAUUUACACACUAUUAAAGAAAUUAUACUUGGAAAAAUUUUAUAAUUAAUAGCCAAUUUUCAACCUCCAACACACUUAUCAUUGAUGCUAAUACUGGAAAAUACAUUGGGAUCCGAGAAUUAUUGUCAUUAAAAGUAAUUUUCUUGAAUUACUUAUCAGAACAACGUAAAUAUAAAAACUUUACACUCCUAUUCUCCCUCUCAAGCCAUUUGUAUAAAUAAAAAAAUACAACUAUUAAUUUCAAAAAGCGGAUAUACUAACCCUUCUUAGCAAACAAAAACCAAAUAUCGAAUUACAUGUAAAUCAAUUCCAAUUUUAAUCGAGAAUAUAUUCACAAGGACUA ...............((((((..(((((((((..((((....((((......)))).....)))).((.(((((((((.............))))))))).)).))))))).)))))))).(((((((((((.................((((((.......((....((((...............(((((((...(((((................((....))....(((((((((((((((.....))))..)))))).....)))))........)))))..)))))))..(((((......((((((...((((((..((((......(((((((((....)))))))))......)))).(((((.........)))))......))))))..)))))).....((((((..........)))))).......)))))....)))).....((((......))))..........)).......((.(((....))).))................)))))))))))).))))).... (-74.84) Find mRNA Target Using Conserved IGS================================================ 5'END mRNA Target Prediction=================================== Score srna_start srna_end target_start tegart_end seq_id 357 408 361 211 165 tfor:TF1937|5end_conserved_hypothetical_protein_2084476..2084706_POSITIVE 352 410 367 92 51 tfor:TF1173|5end_ABC_transporter,_permease_component_1255444..1255674_POSITIVE 341 390 342 216 173 tfor:TF2229|5end_CTn_excision_protein;_DNA_topoisomerase_IA_2397536..2397766_POSITIVE 340 408 361 71 13 tfor:TF1434|5end_transketolase_1517485..1517715_POSITIVE 337 393 353 64 12 tfor:TF0537|5end_conserved_hypothetical_protein_563145..563375_POSITIVE 332 410 368 65 22 tfor:TF0519|5end_thiamine_monophosphate_kinase_543700..543930_POSITIVE 321 410 365 82 34 tfor:TF0027|5end_conserved_hypothetical_protein_22866..23096_POSITIVE 318 407 361 70 31 tfor:TF2296|5end_hypothetical_protein_2448892..2449122_POSITIVE 318 395 351 51 3 tfor:TF2256|5end_transfer_region-related_protein,_TraI_2427908..2428138_POSITIVE 314 410 361 225 179 tfor:TF2329|5end_conserved_hypothetical_protein_2488324..2488554_POSITIVE 311 409 361 67 14 tfor:TF1797|5end_SNF_family_transporter_1937136..1937366_POSITIVE 309 409 361 64 15 tfor:TF2922|5end_surface_antigen_BspA_3119122..3119352_POSITIVE 298 410 361 76 19 tfor:TF2886|5end_RNA_methylase_SpoU_family_3075651..3075881_POSITIVE 297 426 381 183 129 tfor:TF0875|5end_outer_membrane_receptor,_TonB-linked_926829..927059_POSITIVE 296 397 353 200 143 tfor:TF2457|5end_ABC_transporter,_permease_component,_zinc-binding_protein_2633147..2633377_POSITIVE 296 410 367 172 129 tfor:TF2440|5end_conserved_hypothetical_protein;_possible_DNA_mismatch_repair_protein_2616858..2617088_POSITIVE 294 408 361 86 42 tfor:TF1591|5end_surface_antigen_BspA_1706387..1706617_POSITIVE 293 397 359 214 175 tfor:TF1733|5end_conserved_hypothetical_protein_1856015..1856245_POSITIVE 287 420 371 216 163 tfor:TF0007|5end_3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein]_synthase_III_2557..2787_POSITIVE 285 408 362 86 37 tfor:TF1589|5end_surface_antigen_BspA_1703189..1703419_POSITIVE 3'END mRNA Target Prediction=================================== Score srna_start srna_end target_start tegart_end seq_id 335 415 371 67 8 tfor:TF1433|3end_ribose_5-phosphate_isomerase_1517551..1517701_POSITIVE 321 410 365 58 10 tfor:TF0026|3end_hypothetical_protein_22922..23072_POSITIVE 311 409 361 67 14 tfor:TF1796|3end_ABC_transporter,_ATP-binding_protein_1937216..1937366_POSITIVE 298 410 361 93 36 tfor:TF2884|3end_conserved_hypothetical_protein_3075748..3075898_POSITIVE 293 397 359 98 59 tfor:TF1732|3end_conserved_hypothetical_protein_1855979..1856129_POSITIVE 293 409 369 133 91 tfor:TF0181|3end_ATP-dependent_DNA_helicase_194863..195013_POSITIVE 292 388 342 151 110 tfor:TF2228|3end_CTn_excision_protein_2397553..2397703_POSITIVE 287 420 371 150 97 tfor:TF0004|3end_conserved_hypothetical_protein_2571..2721_POSITIVE 283 408 361 147 105 tfor:TF2774|3end_2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine_pyrophosphokinase_2959719..2959869_POSITIVE 281 410 368 107 67 tfor:TF1479|3end_ABC_transporter,_permease_component_1573592..1573742_POSITIVE 279 414 371 108 69 tfor:TF1588|3end_hypothetical_protein_1702560..1702710_POSITIVE 279 413 371 151 106 tfor:TF0006|3end_3-oxyacyl_[acyl-carrier_protein]_reductase_2580..2730_POSITIVE 277 426 381 143 94 tfor:TF2430|3end_hypothetical_protein_2613204..2613354_POSITIVE 277 409 367 63 27 tfor:TF1251|3end_riboflavin_synthase,_alpha_subunit_1334423..1334573_POSITIVE 272 399 358 49 6 tfor:TF1513|3end_hypothetical_protein_1625450..1625600_POSITIVE 271 375 331 148 95 tfor:TF2766|3end_shikimate_kinase_2952232..2952382_POSITIVE 268 384 347 65 25 tfor:TF0816|3end_hypothetical_protein_874467..874617_POSITIVE 267 410 365 58 10 tfor:TF0417|3end_hypothetical_protein_434856..435006_POSITIVE 267 408 361 70 16 tfor:TF0239|3end_conserved_hypothetical_protein_270323..270473_POSITIVE 265 257 228 137 107 tfor:TF1335|3end_conserved_hypothetical_protein;_possible_alpha-1,2-mannosidase_family_protein_1418677..1418827_POSITIVE