Origin IGS: aattcctttagcttactggaagggcaaagatacggcttttttccaattttcaccatttataccttttacaatttatacccactttcacacatatggttaatagttaatggtcagtggttaattgttaacggctttaccacaacgaatccctcccctaaaaaacaatctatttcttgaaaaacaaaacactgtcccctctctgctgattaagctaatttataaaaatttaacttgcaaatatttacaacaccatccaatgcaacaggttttcctttgatatttaacctaataagcaggaattaaaaaccgttcattgtccacagataataaaaaagacgataaaaacacaataaacataaatttatcctta .........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9 taaggataaatttatgtttattgtgtttttatcgtcttttttattatctgtggacaatgaacggtttttaattcctgcttattaggttaaatatcaaaggaaaacctgttgcattggatggtgttgtaaatatttgcaagttaaatttttataaattagcttaatcagcagagaggggacagtgttttgtttttcaagaaatagattgttttttaggggagggattcgttgtggtaaagccgttaacaattaaccactgaccattaactattaaccatatgtgtgaaagtgggtataaattgtaaaaggtataaatggtgaaaattggaaaaaagccgtatctttgcccttccagtaagctaaaggaatt Mask Tandem Repeat Region ================================================ aattcctttagcttactggaagggcaaagatacggcttttttccaattttcaccatttataccttttacaatttatacccactttcacacatatggttaatagttaatggtcagtggttaattgttaacggctttaccacaacgaatccctcccctaaaaaacaatctatttcttgaaaaacaaaacactgtcccctctctgctgattaagctaatttataaaaatttaacttgcaaatatttacaacaccatccaatgcaacaggttttcctttgatatttaacctaataagcaggaattaaaaaccgttcattgtccacagataataaaaaagacgataaaaacacaataaacataaatttatcctta Find is-nt database================================================ Query_seq: TF0697:TF0699|TF0697:TF0699:glycerol-3-phosphate cytidyltransferase:pyridoxal phosphate biosynthetic protein:->->:741326..741695 370 aattcctttagcttactggaagggcaaagatacggcttttttccaattttcaccatttataccttttacaatttatacccactttcacacatatggttaatagttaatggtcagtggttaattgttaacggctttaccacaacgaatccctcccctaaaaaacaatctatttcttgaaaaacaaaacactgtcccctctctgctgattaagctaatttataaaaatttaacttgcaaatatttacaacaccatccaatgcaacaggttttcctttgatatttaacctaataagcaggaattaaaaaccgttcattgtccacagataataaaaaagacgataaaaacacaataaacataaatttatcctta Intra-Species Hit: Count: 0 Inter-species Hit: Count: 0 Find is-aa database================================================ Query_seq: TF0697:TF0699|TF0697:TF0699:glycerol-3-phosphate cytidyltransferase:pyridoxal phosphate biosynthetic protein:->->:741326..741695 370 aattcctttagcttactggaagggcaaagatacggcttttttccaattttcaccatttataccttttacaatttatacccactttcacacatatggttaatagttaatggtcagtggttaattgttaacggctttaccacaacgaatccctcccctaaaaaacaatctatttcttgaaaaacaaaacactgtcccctctctgctgattaagctaatttataaaaatttaacttgcaaatatttacaacaccatccaatgcaacaggttttcctttgatatttaacctaataagcaggaattaaaaaccgttcattgtccacagataataaaaaagacgataaaaacacaataaacataaatttatcctta Intra-Species Hit: Count: 0 Inter-species Hit: Count: 0 Find nr database================================================ Query_seq: TF0697:TF0699|TF0697:TF0699:glycerol-3-phosphate cytidyltransferase:pyridoxal phosphate biosynthetic protein:->->:741326..741695 370 aattcctttagcttactggaagggcaaagatacggcttttttccaattttcaccatttataccttttacaatttatacccactttcacacatatggttaatagttaatggtcagtggttaattgttaacggctttaccacaacgaatccctcccctaaaaaacaatctatttcttgaaaaacaaaacactgtcccctctctgctgattaagctaatttataaaaatttaacttgcaaatatttacaacaccatccaatgcaacaggttttcctttgatatttaacctaataagcaggaattaaaaaccgttcattgtccacagataataaaaaagacgataaaaacacaataaacataaatttatcctta Intra-Species Hit: Count: 0 Inter-species Hit: Count: 0 aattcctttagcttactggaagggcaaagatacggcttttttccaattttcaccatttataccttttacaatttatacccactttcacacatatggttaatagttaatggtcagtggttaattgttaacggctttaccacaacgaatccctcccctaaaaaacaatctatttcttgaaaaacaaaacactgtcccctctctgctgattaagctaatttataaaaatttaacttgcaaatatttacaacaccatccaatgcaacaggttttcctttgatatttaacctaataagcaggaattaaaaaccgttcattgtccacagataataaaaaagacgataaaaacacaataaacataaatttatcctta Predict ORF larger than 30AA ================================================ Protein_Len: 32 Strand: + Start: 2 End: 97 . M P L A Y W K G K D T A F F Q F S P F I P F T I Y T H F H T Y G ................................................................................................................................................................................................................................................................................. Protein_Len: 53 Strand: + Start: 16 End: 174 ............... M E G Q R Y G F F P I F T I Y T F Y N L Y P L S H I W L I V N G Q W L I V N G F T T T N P S P K K Q S I S .................................................................................................................................................................................................... Protein_Len: 51 Strand: + Start: 122 End: 274 ......................................................................................................................... M L T A L P Q R I P P L K N N L F L E K Q N T V P S L L I K L I Y K N L T C K Y L Q H H P M Q Q V F L ................................................................................................ Protein_Len: 32 Strand: - Start: 121 End: 216 ........................................................................................................................ N N V A K G C R I G G R F F L R N R S F C F V T G E R S I L S M .......................................................................................................................................................... aattcctttagcttactggaagggcaaagatacggcttttttccaattttcaccatttataccttttacaatttatacccactttcacacatatggttaatagttaatggtcagtggttaattgttaacggctttaccacaacgaatccctcccctaaaaaacaatctatttcttgaaaaacaaaacactgtcccctctctgctgattaagctaatttataaaaatttaacttgcaaatatttacaacaccatccaatgcaacaggttttcctttgatatttaacctaataagcaggaattaaaaaccgttcattgtccacagataataaaaaagacgataaaaacacaataaacataaatttatcctta Predict Promoter with matrix: RpoD-15 score > 80================================================ Predict Promoter with matrix: RpoD-16 score > 80================================================ Predict Promoter with matrix: RpoD-17 score > 80================================================ Predict Promoter with matrix: RpoD-18 score > 80================================================ Predict Promoter with matrix: RpoD-19 score > 80================================================ Predict Promoter with matrix: RpoN score > 80================================================ aattcctttagcttactggaagggcaaagatacggcttttttccaattttcaccatttataccttttacaatttatacccactttcacacatatggttaatagttaatggtcagtggttaattgttaacggctttaccacaacgaatccctcccctaaaaaacaatctatttcttgaaaaacaaaacactgtcccctctctgctgattaagctaatttataaaaatttaacttgcaaatatttacaacaccatccaatgcaacaggttttcctttgatatttaacctaataagcaggaattaaaaaccgttcattgtccacagataataaaaaagacgataaaaacacaataaacataaatttatcctta Predict TransTerm conf > 70================================================ Find igs database================================================ Query_seq: TF0697:TF0699|TF0697:TF0699:glycerol-3-phosphate cytidyltransferase:pyridoxal phosphate biosynthetic protein:->->:741326..741695 370 aattcctttagcttactggaagggcaaagatacggcttttttccaattttcaccatttataccttttacaatttatacccactttcacacatatggttaatagttaatggtcagtggttaattgttaacggctttaccacaacgaatccctcccctaaaaaacaatctatttcttgaaaaacaaaacactgtcccctctctgctgattaagctaatttataaaaatttaacttgcaaatatttacaacaccatccaatgcaacaggttttcctttgatatttaacctaataagcaggaattaaaaaccgttcattgtccacagataataaaaaagacgataaaaacacaataaacataaatttatcctta Intra-Species Hit: Count: 1 Min: 1 Max: 370 Len: 370 Subject: tfor_TF0697_TF0699|glycerol-3-phosphate cytidyltransferase:pyridoxal phosphate biosynthetic protein|POSITIVE:POSITIVE|[741326,741695]|370 HSP 1 e-value: 0.0 bit: 733.0 Len: 370 Query Start:1 Query End:370 Subject Strand: POSITIVE Subject Start: 1 Subject End: 370 aattcctttagcttactggaagggcaaagatacggcttttttccaattttcaccatttataccttttacaatttatacccactttcacacatatggttaatagttaatggtcagtggttaattgttaacggctttaccacaacgaatccctcccctaaaaaacaatctatttcttgaaaaacaaaacactgtcccctctctgctgattaagctaatttataaaaatttaacttgcaaatatttacaacaccatccaatgcaacaggttttcctttgatatttaacctaataagcaggaattaaaaaccgttcattgtccacagataataaaaaagacgataaaaacacaataaacataaatttatcctta aattcctttagcttactggaagggcaaagatacggcttttttccaattttcaccatttataccttttacaatttatacccactttcacacatatggttaatagttaatggtcagtggttaattgttaacggctttaccacaacgaatccctcccctaaaaaacaatctatttcttgaaaaacaaaacactgtcccctctctgctgattaagctaatttataaaaatttaacttgcaaatatttacaacaccatccaatgcaacaggttttcctttgatatttaacctaataagcaggaattaaaaaccgttcattgtccacagataataaaaaagacgataaaaacacaataaacataaatttatcctta Inter-species Hit: Count: 0 Predict Forward Strand Minimun Free Energy by RNAFold (ViennaRNA) ================================================ AAUUCCUUUAGCUUACUGGAAGGGCAAAGAUACGGCUUUUUUCCAAUUUUCACCAUUUAUACCUUUUACAAUUUAUACCCACUUUCACACAUAUGGUUAAUAGUUAAUGGUCAGUGGUUAAUUGUUAACGGCUUUACCACAACGAAUCCCUCCCCUAAAAAACAAUCUAUUUCUUGAAAAACAAAACACUGUCCCCUCUCUGCUGAUUAAGCUAAUUUAUAAAAAUUUAACUUGCAAAUAUUUACAACACCAUCCAAUGCAACAGGUUUUCCUUUGAUAUUUAACCUAAUAAGCAGGAAUUAAAAACCGUUCAUUGUCCACAGAUAAUAAAAAAGACGAUAAAAACACAAUAAACAUAAAUUUAUCCUUA .....((((...((((((...((((((.((.((((.((((((((.......((((((...(((...............................)))........))))))....((((((.((((((.((....(((...............................................................(((.....)))...................(((((.....................)))))..)))...)).)))))).)))))).........))))..)))).)))))).)))))).))).)))....))))..((((((.................)))))).... (-48.41) Predict Reverse Strand Minimun Free Energy by RNAFold (ViennaRNA) ================================================ UAAGGAUAAAUUUAUGUUUAUUGUGUUUUUAUCGUCUUUUUUAUUAUCUGUGGACAAUGAACGGUUUUUAAUUCCUGCUUAUUAGGUUAAAUAUCAAAGGAAAACCUGUUGCAUUGGAUGGUGUUGUAAAUAUUUGCAAGUUAAAUUUUUAUAAAUUAGCUUAAUCAGCAGAGAGGGGACAGUGUUUUGUUUUUCAAGAAAUAGAUUGUUUUUUAGGGGAGGGAUUCGUUGUGGUAAAGCCGUUAACAAUUAACCACUGACCAUUAACUAUUAACCAUAUGUGUGAAAGUGGGUAUAAAUUGUAAAAGGUAUAAAUGGUGAAAAUUGGAAAAAAGCCGUAUCUUUGCCCUUCCAGUAAGCUAAAGGAAUU ....((((((..((((.....))))..)))))).((((((...(((.(((.((.(((.(((((((((((..((((((((.((((((((((.((((..(((....))).........))))...(((((((.(((((.....))))).))))))).)))))))))).))))).)))...((((((..((.(((..((((((((.....))))))).)..))).))..))))))......(((.((.((((((..(((((.(((((..............))).))...))))).....)))))).)).)))....................))))))))).)).))).))...))))))...))))))... (-76.54) Find mRNA Target Using Conserved IGS================================================ 5'END mRNA Target Prediction=================================== Score srna_start srna_end target_start tegart_end seq_id 321 41 3 217 183 tfor:TF1836|5end_hypothetical_protein_1984534..1984764_POSITIVE 312 148 103 143 99 tfor:TF2994|5end_hypothetical_protein_3210605..3210835_POSITIVE 312 148 103 225 181 tfor:TF2668|5end_hypothetical_protein_2842471..2842701_POSITIVE 312 148 103 149 105 tfor:TF2667|5end_hypothetical_protein_2842395..2842625_POSITIVE 312 148 103 70 26 tfor:TF2664|5end_hypothetical_protein_2841399..2841629_POSITIVE 310 140 93 183 125 tfor:TF0679|5end_hypothetical_protein_721155..721385_POSITIVE 310 140 93 131 73 tfor:TF0678|5end_hypothetical_protein_721103..721333_POSITIVE 309 44 5 90 45 tfor:TF0410|5end_8-amino-7-oxononanoate_synthase_427605..427835_POSITIVE 301 148 103 161 110 tfor:TF0470|5end_hypothetical_protein_487253..487483_POSITIVE 296 131 93 156 116 tfor:TF0685|5end_hypothetical_protein_730852..731082_POSITIVE 293 147 101 213 172 tfor:TF0880|5end_conserved_hypothetical_protein_934010..934240_POSITIVE 289 154 112 186 157 tfor:TF0823|5end_conserved_hypothetical_protein_880660..880890_POSITIVE 283 47 10 107 76 tfor:TF1274|5end_hypothetical_protein_1357621..1357851_POSITIVE 280 156 111 69 15 tfor:TF0502|5end_acetylglutamate_kinase_527620..527850_POSITIVE 277 44 9 193 156 tfor:TF2565|5end_50S_ribosomal_protein_L24_2739986..2740216_POSITIVE 277 140 93 145 87 tfor:TF0822|5end_hypothetical_protein_880487..880717_POSITIVE 276 150 102 152 97 tfor:TF1818|5end_conserved_hypothetical_protein_1957967..1958197_POSITIVE 276 50 5 82 36 tfor:TF1388|5end_hypothetical_protein_1461785..1462015_POSITIVE 271 50 3 137 93 tfor:TF0403|5end_TPR_repeat_protein_422600..422830_POSITIVE 270 214 189 137 109 tfor:TF2111|5end_RNA_polymerase_sigma-54_factor_2280506..2280736_POSITIVE 3'END mRNA Target Prediction=================================== Score srna_start srna_end target_start tegart_end seq_id 345 130 93 108 70 tfor:TF2997|3end_hypothetical_protein_3211664..3211814_POSITIVE 321 144 103 108 66 tfor:TF0018|3end_hypothetical_protein_12091..12241_POSITIVE 318 150 103 105 55 tfor:TF1660|3end_hypothetical_protein_1775600..1775750_POSITIVE 309 44 5 77 32 tfor:TF0409|3end_conserved_hypothetical_protein_427672..427822_POSITIVE 305 149 103 116 73 tfor:TF2996|3end_hypothetical_protein_3211121..3211271_POSITIVE 301 148 103 56 5 tfor:TF0469|3end_hypothetical_protein_487228..487378_POSITIVE 277 149 103 129 93 tfor:TF1762|3end_hypothetical_protein_1899648..1899798_POSITIVE 277 149 103 60 24 tfor:TF1761|3end_hypothetical_protein_1899579..1899729_POSITIVE 276 150 102 79 24 tfor:TF1816|3end_hypothetical_protein_1957974..1958124_POSITIVE 276 150 102 96 41 tfor:TF1817|3end_hypothetical_protein_1957991..1958141_POSITIVE 271 50 3 66 22 tfor:TF0402|3end_conserved_hypothetical_protein_422609..422759_POSITIVE 270 214 189 77 49 tfor:TF2110|3end_transposase_2280526..2280676_POSITIVE 270 214 189 48 20 tfor:TF0716|3end_transposase_767576..767726_POSITIVE 269 44 11 133 94 tfor:TF2406|3end_anti-sigma_factor_2581659..2581809_POSITIVE 268 149 103 129 86 tfor:TF2639|3end_hypothetical_protein_2809333..2809483_POSITIVE 263 131 103 103 73 tfor:TF1576|3end_hypothetical_protein_1686135..1686285_POSITIVE 260 154 112 140 111 tfor:TF0678|3end_hypothetical_protein_721335..721485_POSITIVE 259 168 134 88 56 tfor:TF1698|3end_mobilization_protein_1819782..1819932_POSITIVE 258 260 231 123 95 tfor:TF0099|3end_glycosyltransferase_of_PMT_family_111124..111274_POSITIVE 257 36 1 117 83 tfor:TF2853|3end_2-C-methyl-D-erythritol_2,4-cyclodiphosphate_synthase_3040725..3040875_POSITIVE