Origin IGS: aatatgtcatcaaaatttatcttttctgtttgtttgaaattacaaaggtacatcttttgcacaaagtagattggtttatctttttccctatagtatttaaagagataaaaaatgtatgctttattaaaaaaacatgttatataacatagtgtgttatgtttgtattttaaaaatataatgataattttgcatattcaataattgtatatgccgtattttataaatagtatgataatatcgatggggtttgttagtgttcttaatgtattgttgggtatatacactgctttatattaaaatatatttaagaaaattttattatgaactttcgagagatgctgtgaatgagtcttttgactctttcgggggggtataattaagtatatgtttaatattagttgtagccatgtagcagagcgattaagcgatttaaaaaagcatgaagcacgatactaccttgttatattaattctttaatgcattaccacttattgaattatcgaaacacattgtataacaaaaaaacagacgaaa .........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9 tttcgtctgtttttttgttatacaatgtgtttcgataattcaataagtggtaatgcattaaagaattaatataacaaggtagtatcgtgcttcatgcttttttaaatcgcttaatcgctctgctacatggctacaactaatattaaacatatacttaattatacccccccgaaagagtcaaaagactcattcacagcatctctcgaaagttcataataaaattttcttaaatatattttaatataaagcagtgtatatacccaacaatacattaagaacactaacaaaccccatcgatattatcatactatttataaaatacggcatatacaattattgaatatgcaaaattatcattatatttttaaaatacaaacataacacactatgttatataacatgtttttttaataaagcatacattttttatctctttaaatactatagggaaaaagataaaccaatctactttgtgcaaaagatgtacctttgtaatttcaaacaaacagaaaagataaattttgatgacatatt Mask Tandem Repeat Region ================================================ aatatgtcatcaaaatttatcttttctgtttgtttgaaattacaaaggtacatcttttgcacaaagtagattggtttatctttttccctatagtatttaaagagataaaaaatgtatgctttattaaaaaaacatgttatataacatagtgtgttatgtttgtattttaaaaatataatgataattttgcatattcaataattgtatatgccgtattttataaatagtatgataatatcgatggggtttgttagtgttcttaatgtattgttgggtatatacactgctttatattaaaatatatttaagaaaattttattatgaactttcgagagatgctgtgaatgagtcttttgactctttcgggggggtataattaagtatatgtttaatattagttgtagccatgtagcagagcgattaagcgatttaaaaaagcatgaagcacgatactaccttgttatattaattctttaatgcattaccacttattgaattatcgaaacacattgtataacaaaaaaacagacgaaa Find is-nt database================================================ Query_seq: TF0236:TF0237|TF0236:TF0237:multidrug resistance protein:outer membrane protein, TonB dependent receptor:->->:263275..263808 534 aatatgtcatcaaaatttatcttttctgtttgtttgaaattacaaaggtacatcttttgcacaaagtagattggtttatctttttccctatagtatttaaagagataaaaaatgtatgctttattaaaaaaacatgttatataacatagtgtgttatgtttgtattttaaaaatataatgataattttgcatattcaataattgtatatgccgtattttataaatagtatgataatatcgatggggtttgttagtgttcttaatgtattgttgggtatatacactgctttatattaaaatatatttaagaaaattttattatgaactttcgagagatgctgtgaatgagtcttttgactctttcgggggggtataattaagtatatgtttaatattagttgtagccatgtagcagagcgattaagcgatttaaaaaagcatgaagcacgatactaccttgttatattaattctttaatgcattaccacttattgaattatcgaaacacattgtataacaaaaaaacagacgaaa Intra-Species Hit: Count: 0 Inter-species Hit: Count: 0 Find is-aa database================================================ Query_seq: TF0236:TF0237|TF0236:TF0237:multidrug resistance protein:outer membrane protein, TonB dependent receptor:->->:263275..263808 534 aatatgtcatcaaaatttatcttttctgtttgtttgaaattacaaaggtacatcttttgcacaaagtagattggtttatctttttccctatagtatttaaagagataaaaaatgtatgctttattaaaaaaacatgttatataacatagtgtgttatgtttgtattttaaaaatataatgataattttgcatattcaataattgtatatgccgtattttataaatagtatgataatatcgatggggtttgttagtgttcttaatgtattgttgggtatatacactgctttatattaaaatatatttaagaaaattttattatgaactttcgagagatgctgtgaatgagtcttttgactctttcgggggggtataattaagtatatgtttaatattagttgtagccatgtagcagagcgattaagcgatttaaaaaagcatgaagcacgatactaccttgttatattaattctttaatgcattaccacttattgaattatcgaaacacattgtataacaaaaaaacagacgaaa Intra-Species Hit: Count: 0 Inter-species Hit: Count: 0 Find nr database================================================ Query_seq: TF0236:TF0237|TF0236:TF0237:multidrug resistance protein:outer membrane protein, TonB dependent receptor:->->:263275..263808 534 aatatgtcatcaaaatttatcttttctgtttgtttgaaattacaaaggtacatcttttgcacaaagtagattggtttatctttttccctatagtatttaaagagataaaaaatgtatgctttattaaaaaaacatgttatataacatagtgtgttatgtttgtattttaaaaatataatgataattttgcatattcaataattgtatatgccgtattttataaatagtatgataatatcgatggggtttgttagtgttcttaatgtattgttgggtatatacactgctttatattaaaatatatttaagaaaattttattatgaactttcgagagatgctgtgaatgagtcttttgactctttcgggggggtataattaagtatatgtttaatattagttgtagccatgtagcagagcgattaagcgatttaaaaaagcatgaagcacgatactaccttgttatattaattctttaatgcattaccacttattgaattatcgaaacacattgtataacaaaaaaacagacgaaa Intra-Species Hit: Count: 0 Inter-species Hit: Count: 0 aatatgtcatcaaaatttatcttttctgtttgtttgaaattacaaaggtacatcttttgcacaaagtagattggtttatctttttccctatagtatttaaagagataaaaaatgtatgctttattaaaaaaacatgttatataacatagtgtgttatgtttgtattttaaaaatataatgataattttgcatattcaataattgtatatgccgtattttataaatagtatgataatatcgatggggtttgttagtgttcttaatgtattgttgggtatatacactgctttatattaaaatatatttaagaaaattttattatgaactttcgagagatgctgtgaatgagtcttttgactctttcgggggggtataattaagtatatgtttaatattagttgtagccatgtagcagagcgattaagcgatttaaaaaagcatgaagcacgatactaccttgttatattaattctttaatgcattaccacttattgaattatcgaaacacattgtataacaaaaaaacagacgaaa Predict ORF larger than 30AA ================================================ Protein_Len: 46 Strand: + Start: 9 End: 146 ........ M K I Y L F C L F E I T K V H L L H K V D W F I F F P I V F K E I K N V C F I K K T C Y I T .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... Protein_Len: 31 Strand: + Start: 202 End: 294 ......................................................................................................................................................................................................... M Y M P Y F I N S M I I S M G F V S V L N V L L G I Y T A L Y ................................................................................................................................................................................................................................................ Protein_Len: 42 Strand: + Start: 248 End: 373 ....................................................................................................................................................................................................................................................... M L V F L M Y C W V Y T L L Y I K I Y L R K F Y Y E L S R D A V N E S F D S F G G V ................................................................................................................................................................. Protein_Len: 34 Strand: + Start: 373 End: 474 .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... M I K Y M F N I S C S H V A E R L S D L K K H E A R Y Y L V I L I L ............................................................ Protein_Len: 33 Strand: - Start: 297 End: 395 ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................ F I N L F I K N H V K S L H Q S H T K Q S K R P P I I L Y I N L M ........................................................................................................................................... Protein_Len: 36 Strand: - Start: 157 End: 264 ............................................................................................................................................................ T Q I K F I Y H Y N Q M N L L Q I H R I K Y I T H Y Y R H P K N T N K M .............................................................................................................................................................................................................................................................................. Protein_Len: 35 Strand: - Start: 20 End: 124 ................... R K Q K N S I V F T C R K C L T S Q N I K K G I T N L S I F F T H K M .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... Protein_Len: 60 Strand: - Start: 3 End: 194 .. N I K E T Q K F N C L Y M K Q V F Y I P K D K E R Y Y K F L Y F I Y A K N F F C T I Y C L T N H K Y K L F I I I I K C M .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... aatatgtcatcaaaatttatcttttctgtttgtttgaaattacaaaggtacatcttttgcacaaagtagattggtttatctttttccctatagtatttaaagagataaaaaatgtatgctttattaaaaaaacatgttatataacatagtgtgttatgtttgtattttaaaaatataatgataattttgcatattcaataattgtatatgccgtattttataaatagtatgataatatcgatggggtttgttagtgttcttaatgtattgttgggtatatacactgctttatattaaaatatatttaagaaaattttattatgaactttcgagagatgctgtgaatgagtcttttgactctttcgggggggtataattaagtatatgtttaatattagttgtagccatgtagcagagcgattaagcgatttaaaaaagcatgaagcacgatactaccttgttatattaattctttaatgcattaccacttattgaattatcgaaacacattgtataacaaaaaaacagacgaaa Predict Promoter with matrix: RpoD-15 score > 80================================================ Predict Promoter with matrix: RpoD-16 score > 80================================================ Predict Promoter with matrix: RpoD-17 score > 80================================================ PromScan Matrix: RpoD-17 Strand: + Score: 83 Start: 293 End: 322 ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTAAAATATATTTAAGAAAATTTTATTAT.................................................................................................................................................................................................................... Predict Promoter with matrix: RpoD-18 score > 80================================================ Predict Promoter with matrix: RpoD-19 score > 80================================================ Predict Promoter with matrix: RpoN score > 80================================================ aatatgtcatcaaaatttatcttttctgtttgtttgaaattacaaaggtacatcttttgcacaaagtagattggtttatctttttccctatagtatttaaagagataaaaaatgtatgctttattaaaaaaacatgttatataacatagtgtgttatgtttgtattttaaaaatataatgataattttgcatattcaataattgtatatgccgtattttataaatagtatgataatatcgatggggtttgttagtgttcttaatgtattgttgggtatatacactgctttatattaaaatatatttaagaaaattttattatgaactttcgagagatgctgtgaatgagtcttttgactctttcgggggggtataattaagtatatgtttaatattagttgtagccatgtagcagagcgattaagcgatttaaaaaagcatgaagcacgatactaccttgttatattaattctttaatgcattaccacttattgaattatcgaaacacattgtataacaaaaaaacagacgaaa Predict TransTerm conf > 70================================================ TransTerm Strand: - Conf: 71 HP_score: -2.6 Tail_Score: -5.52384 Start: 133 End: 148 Full_Region: acaaacataacacac tatgtt atat aacatg tttttttaataaagc ....................................................................................................................................tatgttatataacatg.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. Find igs database================================================ Query_seq: TF0236:TF0237|TF0236:TF0237:multidrug resistance protein:outer membrane protein, TonB dependent receptor:->->:263275..263808 534 aatatgtcatcaaaatttatcttttctgtttgtttgaaattacaaaggtacatcttttgcacaaagtagattggtttatctttttccctatagtatttaaagagataaaaaatgtatgctttattaaaaaaacatgttatataacatagtgtgttatgtttgtattttaaaaatataatgataattttgcatattcaataattgtatatgccgtattttataaatagtatgataatatcgatggggtttgttagtgttcttaatgtattgttgggtatatacactgctttatattaaaatatatttaagaaaattttattatgaactttcgagagatgctgtgaatgagtcttttgactctttcgggggggtataattaagtatatgtttaatattagttgtagccatgtagcagagcgattaagcgatttaaaaaagcatgaagcacgatactaccttgttatattaattctttaatgcattaccacttattgaattatcgaaacacattgtataacaaaaaaacagacgaaa Intra-Species Hit: Count: 1 Min: 1 Max: 518 Len: 518 Subject: tfor_TF0236_TF0237|multidrug resistance protein:outer membrane protein, TonB dependent receptor|POSITIVE:POSITIVE|[263275,263808]|534 HSP 1 e-value: 0.0 bit: 944.0 Len: 518 Query Start:1 Query End:518 Subject Strand: POSITIVE Subject Start: 1 Subject End: 518 aatatgtcatcaaaatttatcttttctgtttgtttgaaattacaaaggtacatcttttgcacaaagtagattggtttatctttttccctatagtatttaaagagataaaaaatgtatgctttattnnnnnnncatgttatataacatagtgtgttatgtttgtattttaaaaatataatgataattttgcatattcaataattgtatatgccgtattttataaatagtatgataatatcgatggggtttgttagtgttcttaatgtattgttgggtatatacactgctttatattaaaatatatttaagaaaattttattatgaactttcgagagatgctgtgaatgagtcttttgactctttcnnnnnnntataattaagtatatgtttaatattagttgtagccatgtagcagagcgattaagcgatttaaaaaagcatgaagcacgatactaccttgttatattaattctttaatgcattaccacttattgaattatcgaaacacattgtataac................ aatatgtcatcaaaatttatcttttctgtttgtttgaaattacaaaggtacatcttttgcacaaagtagattggtttatctttttccctatagtatttaaagagataaaaaatgtatgctttattaaaaaaacatgttatataacatagtgtgttatgtttgtattttaaaaatataatgataattttgcatattcaataattgtatatgccgtattttataaatagtatgataatatcgatggggtttgttagtgttcttaatgtattgttgggtatatacactgctttatattaaaatatatttaagaaaattttattatgaactttcgagagatgctgtgaatgagtcttttgactctttcgggggggtataattaagtatatgtttaatattagttgtagccatgtagcagagcgattaagcgatttaaaaaagcatgaagcacgatactaccttgttatattaattctttaatgcattaccacttattgaattatcgaaacacattgtataac................ Inter-species Hit: Count: 0 Predict Forward Strand Minimun Free Energy by RNAFold (ViennaRNA) ================================================ AAUAUGUCAUCAAAAUUUAUCUUUUCUGUUUGUUUGAAAUUACAAAGGUACAUCUUUUGCACAAAGUAGAUUGGUUUAUCUUUUUCCCUAUAGUAUUUAAAGAGAUAAAAAAUGUAUGCUUUAUUAAAAAAACAUGUUAUAUAACAUAGUGUGUUAUGUUUGUAUUUUAAAAAUAUAAUGAUAAUUUUGCAUAUUCAAUAAUUGUAUAUGCCGUAUUUUAUAAAUAGUAUGAUAAUAUCGAUGGGGUUUGUUAGUGUUCUUAAUGUAUUGUUGGGUAUAUACACUGCUUUAUAUUAAAAUAUAUUUAAGAAAAUUUUAUUAUGAACUUUCGAGAGAUGCUGUGAAUGAGUCUUUUGACUCUUUCGGGGGGGUAUAAUUAAGUAUAUGUUUAAUAUUAGUUGUAGCCAUGUAGCAGAGCGAUUAAGCGAUUUAAAAAAGCAUGAAGCACGAUACUACCUUGUUAUAUUAAUUCUUUAAUGCAUUACCACUUAUUGAAUUAUCGAAACACAUUGUAUAAC ((((...(((((...((((((((((..((((((..((((.....((((((.(((.(((((.....)))))..))).))))))))))...)))).))...))))))))))...)).)))...)))).((((.(((....(((((((((...))))))))).))).))))....((((((((....(((((...(((((((((.((...((((((((((........)))))).((((((.((..((((..((..(((((....((((.((((((.((...((((..(((..(((((((((((((((((..........((((((..((..(((((((............(((....))))))))))..))..))))))))))))))).)))))))).)))))))...)).)))))).((......))...........))))..)))))...)).))))..))))))))..........))))...)).)))))))))...)))))..))))))))... (-104.00) Predict Reverse Strand Minimun Free Energy by RNAFold (ViennaRNA) ================================================ GUUAUACAAUGUGUUUCGAUAAUUCAAUAAGUGGUAAUGCAUUAAAGAAUUAAUAUAACAAGGUAGUAUCGUGCUUCAUGCUUUUUUAAAUCGCUUAAUCGCUCUGCUACAUGGCUACAACUAAUAUUAAACAUAUACUUAAUUAUACCCCCCCGAAAGAGUCAAAAGACUCAUUCACAGCAUCUCUCGAAAGUUCAUAAUAAAAUUUUCUUAAAUAUAUUUUAAUAUAAAGCAGUGUAUAUACCCAACAAUACAUUAAGAACACUAACAAACCCCAUCGAUAUUAUCAUACUAUUUAUAAAAUACGGCAUAUACAAUUAUUGAAUAUGCAAAAUUAUCAUUAUAUUUUUAAAAUACAAACAUAACACACUAUGUUAUAUAACAUGUUUUUUUAAUAAAGCAUACAUUUUUUAUCUCUUUAAAUACUAUAGGGAAAAAGAUAAACCAAUCUACUUUGUGCAAAAGAUGUACCUUUGUAAUUUCAAACAAACAGAAAAGAUAAAUUUUGAUGACAUAUU .......((((((((..(((((((..((((((((((....(((((....))))).......((((((((((.((.....)).(((((((...((......)).(((((...((....))....((((((((.(((((.(((.............(((.(((((....))))).)))............(((((((........))))))).))).)))))))))))))..)))))....................)))))))................)))))))))).))))))))))........((((((.((.....)).))))))..)))))))....(((((((........((((((......))))))........(((((.....((((((..((((((((((.(((((.((.....)).)))))...((((......)))).........)))))))))).))))))......)))))......))))))).........)))))))) (-86.10) Find mRNA Target Using Conserved IGS================================================ 5'END mRNA Target Prediction=================================== Score srna_start srna_end target_start tegart_end seq_id 346 369 325 212 171 tfor:TF2225|5end_CTn_excision_protein_2394935..2395165_POSITIVE 345 370 327 139 86 tfor:TF2788|5end_hypothetical_protein_2972201..2972431_POSITIVE 336 370 322 182 129 tfor:TF1996|5end_ATP-dependent_exonuclease_SbcC_2148419..2148649_POSITIVE 323 447 401 191 137 tfor:TF1995|5end_exonuclease_2147148..2147378_POSITIVE 309 369 325 168 135 tfor:TF3121|5end_nicotinate_phosphoribosyltransferase_3354815..3355045_POSITIVE 301 368 329 117 73 tfor:TF1687|5end_conserved_hypothetical_protein;_possible_periplasmic_protein_1801988..1802218_POSITIVE 299 370 321 219 162 tfor:TF0507|5end_glutamine_ABC_transporter,_periplasmic_glutamine-binding_protein_532358..532588_POSITIVE 293 479 434 224 178 tfor:TF1328|5end_possible_cytidylyltransferase_1407434..1407664_POSITIVE 286 370 321 228 175 tfor:TF1168|5end_hypothetical_protein_1248755..1248985_POSITIVE 285 369 321 174 129 tfor:TF2330|5end_conserved_hypothetical_protein_2489920..2490150_POSITIVE 281 370 325 74 28 tfor:TF2818|5end_acetylornithine_aminotransferase_3007739..3007969_POSITIVE 281 371 332 151 113 tfor:TF2745|5end_hypothetical_protein_2927562..2927792_POSITIVE 280 98 52 196 158 tfor:TF2344|5end_ATP/GTP_binding_protein_2507422..2507652_POSITIVE 279 419 378 177 123 tfor:TF0109|5end_diacylglycerol_kinase_116073..116303_POSITIVE 278 280 238 128 84 tfor:TF0822|5end_hypothetical_protein_880487..880717_POSITIVE 278 375 332 161 106 tfor:TF0552|5end_Bacteroides_aerotolerance_protein,_BatE_583698..583928_POSITIVE 274 371 337 231 189 tfor:TF0430|5end_hypothetical_protein_452163..452393_POSITIVE 272 372 331 124 77 tfor:TF2912|5end_hypothetical_protein_3106508..3106738_POSITIVE 272 370 321 122 45 tfor:TF2855|5end_ATPase,_AAA_family_3040657..3040887_POSITIVE 271 450 401 181 124 tfor:TF0242|5end_conserved_hypothetical_protein_272439..272669_POSITIVE 3'END mRNA Target Prediction=================================== Score srna_start srna_end target_start tegart_end seq_id 345 370 327 116 63 tfor:TF2787|3end_30S_ribosomal_protein_S1_2972258..2972408_POSITIVE 336 370 322 116 63 tfor:TF1995|3end_exonuclease_2148433..2148583_POSITIVE 321 371 332 138 100 tfor:TF1483|3end_glycosyltransferase_family_protein_1578825..1578975_POSITIVE 309 369 325 48 15 tfor:TF3120|3end_HD_superfamily_hydrolase_3354775..3354925_POSITIVE 305 460 411 148 107 tfor:TF2946|3end_conserved_hypothetical_protein;_possible_ATPase_3153362..3153512_POSITIVE 301 368 329 117 73 tfor:TF1686|3end_alginate_O-acetylation_protein_1802068..1802218_POSITIVE 296 374 332 139 82 tfor:TF0873|3end_conserved_hypothetical_protein_925487..925637_POSITIVE 285 369 321 140 95 tfor:TF2329|3end_conserved_hypothetical_protein_2489966..2490116_POSITIVE 284 450 401 52 3 tfor:TF2830|3end_ABC_transporter,_ATP-binding_protein_3021419..3021569_POSITIVE 283 440 395 64 19 tfor:TF0958|3end_conserved_hypothetical_protein_1004909..1005059_POSITIVE 278 375 332 151 96 tfor:TF0551|3end_possible_membrane-associated_phospholipid_phosphatase_583768..583918_POSITIVE 277 370 321 82 13 tfor:TF3022|3end_chorismate_synthase_3247301..3247451_POSITIVE 277 366 322 62 21 tfor:TF2721|3end_conserved_hypothetical_protein_2896956..2897106_POSITIVE 275 370 325 80 27 tfor:TF0327|3end_hypothetical_protein_353962..354112_POSITIVE 272 370 321 110 33 tfor:TF2853|3end_2-C-methyl-D-erythritol_2,4-cyclodiphosphate_synthase_3040725..3040875_POSITIVE 268 375 331 56 4 tfor:TF1946|3end_membrane_protein;_spore_maturation-like_protein_2095601..2095751_POSITIVE 266 427 396 41 3 tfor:TF2827|3end_conserved_hypothetical_protein_3019642..3019792_POSITIVE 264 450 402 68 27 tfor:TF1275|3end_transcription-repair_coupling_factor_1361290..1361440_POSITIVE 263 429 400 132 99 tfor:TF0151|3end_hydrolase/beta-alanine_synthase_162072..162222_POSITIVE 262 377 337 56 18 tfor:TF2317|3end_3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein]_synthase_II_2475667..2475817_POSITIVE