Origin IGS: tagttttatttttaattagccagagttagtcagtttttattttaagggaaaaggctgcttaaattagtcctagtagctacgtgaattagcttgcttcactaggaaggtagttgtaaatataagtgaaaaaatgcatcaattcagaatgaagtggtaccctgctaacgatagaagcttaatttgatatataagattgttcgcttataaaaaatttttaggtgttagaaccttagatatctgatggcactggagtaaaaacctaatatagatcgtgtgttgaacgatgttgtacatttgatgctaaagtgccctacttgggtatgctaattacgtaagagcggtaattatataaaacgaatttaaataaacagaaaattatatgaaatggggaagtatcccactcgattatttatcggcgatataatgcaatgatttataa .........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9 ttataaatcattgcattatatcgccgataaataatcgagtgggatacttccccatttcatataattttctgtttatttaaattcgttttatataattaccgctcttacgtaattagcatacccaagtagggcactttagcatcaaatgtacaacatcgttcaacacacgatctatattaggtttttactccagtgccatcagatatctaaggttctaacacctaaaaattttttataagcgaacaatcttatatatcaaattaagcttctatcgttagcagggtaccacttcattctgaattgatgcattttttcacttatatttacaactaccttcctagtgaagcaagctaattcacgtagctactaggactaatttaagcagccttttcccttaaaataaaaactgactaactctggctaattaaaaataaaacta Mask Tandem Repeat Region ================================================ tagttttatttttaattagccagagttagtcagtttttattttaagggaaaaggctgcttaaattagtcctagtagctacgtgaattagcttgcttcactaggaaggtagttgtaaatataagtgaaaaaatgcatcaattcagaatgaagtggtaccctgctaacgatagaagcttaatttgatatataagattgttcgcttataaaaaatttttaggtgttagaaccttagatatctgatggcactggagtaaaaacctaatatagatcgtgtgttgaacgatgttgtacatttgatgctaaagtgccctacttgggtatgctaattacgtaagagcggtaattatataaaacgaatttaaataaacagaaaattatatgaaatggggaagtatcccactcgattatttatcggcgatataatgcaatgatttataa Find is-nt database================================================ Query_seq: AA01895:AA01896|AA01895:AA01896:hypothetical protein:hypothetical protein:->->:1280662..1281100 439 tagttttatttttaattagccagagttagtcagtttttattttaagggaaaaggctgcttaaattagtcctagtagctacgtgaattagcttgcttcactaggaaggtagttgtaaatataagtgaaaaaatgcatcaattcagaatgaagtggtaccctgctaacgatagaagcttaatttgatatataagattgttcgcttataaaaaatttttaggtgttagaaccttagatatctgatggcactggagtaaaaacctaatatagatcgtgtgttgaacgatgttgtacatttgatgctaaagtgccctacttgggtatgctaattacgtaagagcggtaattatataaaacgaatttaaataaacagaaaattatatgaaatggggaagtatcccactcgattatttatcggcgatataatgcaatgatttataa Intra-Species Hit: Count: 0 Inter-species Hit: Count: 0 Find is-aa database================================================ Query_seq: AA01895:AA01896|AA01895:AA01896:hypothetical protein:hypothetical protein:->->:1280662..1281100 439 tagttttatttttaattagccagagttagtcagtttttattttaagggaaaaggctgcttaaattagtcctagtagctacgtgaattagcttgcttcactaggaaggtagttgtaaatataagtgaaaaaatgcatcaattcagaatgaagtggtaccctgctaacgatagaagcttaatttgatatataagattgttcgcttataaaaaatttttaggtgttagaaccttagatatctgatggcactggagtaaaaacctaatatagatcgtgtgttgaacgatgttgtacatttgatgctaaagtgccctacttgggtatgctaattacgtaagagcggtaattatataaaacgaatttaaataaacagaaaattatatgaaatggggaagtatcccactcgattatttatcggcgatataatgcaatgatttataa Intra-Species Hit: Count: 0 Inter-species Hit: Count: 0 Find nr database================================================ Query_seq: AA01895:AA01896|AA01895:AA01896:hypothetical protein:hypothetical protein:->->:1280662..1281100 439 tagttttatttttaattagccagagttagtcagtttttattttaagggaaaaggctgcttaaattagtcctagtagctacgtgaattagcttgcttcactaggaaggtagttgtaaatataagtgaaaaaatgcatcaattcagaatgaagtggtaccctgctaacgatagaagcttaatttgatatataagattgttcgcttataaaaaatttttaggtgttagaaccttagatatctgatggcactggagtaaaaacctaatatagatcgtgtgttgaacgatgttgtacatttgatgctaaagtgccctacttgggtatgctaattacgtaagagcggtaattatataaaacgaatttaaataaacagaaaattatatgaaatggggaagtatcccactcgattatttatcggcgatataatgcaatgatttataa Intra-Species Hit: Count: 0 Inter-species Hit: Count: 0 tagttttatttttaattagccagagttagtcagtttttattttaagggaaaaggctgcttaaattagtcctagtagctacgtgaattagcttgcttcactaggaaggtagttgtaaatataagtgaaaaaatgcatcaattcagaatgaagtggtaccctgctaacgatagaagcttaatttgatatataagattgttcgcttataaaaaatttttaggtgttagaaccttagatatctgatggcactggagtaaaaacctaatatagatcgtgtgttgaacgatgttgtacatttgatgctaaagtgccctacttgggtatgctaattacgtaagagcggtaattatataaaacgaatttaaataaacagaaaattatatgaaatggggaagtatcccactcgattatttatcggcgatataatgcaatgatttataa Predict ORF larger than 30AA ================================================ Protein_Len: 32 Strand: - Start: 314 End: 409 ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... K P I S I V Y S R Y N Y L V F K F L C F I I H F P S T D W E I M .............................. Protein_Len: 30 Strand: - Start: 205 End: 294 ............................................................................................................................................................................................................ L F N K P T L V K S I Q H C Q L L F R I Y I T H Q V I N Y M ................................................................................................................................................. tagttttatttttaattagccagagttagtcagtttttattttaagggaaaaggctgcttaaattagtcctagtagctacgtgaattagcttgcttcactaggaaggtagttgtaaatataagtgaaaaaatgcatcaattcagaatgaagtggtaccctgctaacgatagaagcttaatttgatatataagattgttcgcttataaaaaatttttaggtgttagaaccttagatatctgatggcactggagtaaaaacctaatatagatcgtgtgttgaacgatgttgtacatttgatgctaaagtgccctacttgggtatgctaattacgtaagagcggtaattatataaaacgaatttaaataaacagaaaattatatgaaatggggaagtatcccactcgattatttatcggcgatataatgcaatgatttataa Predict Promoter with matrix: RpoD-15 score > 80================================================ Predict Promoter with matrix: RpoD-16 score > 80================================================ Predict Promoter with matrix: RpoD-17 score > 80================================================ Predict Promoter with matrix: RpoD-18 score > 80================================================ Predict Promoter with matrix: RpoD-19 score > 80================================================ Predict Promoter with matrix: RpoN score > 80================================================ tagttttatttttaattagccagagttagtcagtttttattttaagggaaaaggctgcttaaattagtcctagtagctacgtgaattagcttgcttcactaggaaggtagttgtaaatataagtgaaaaaatgcatcaattcagaatgaagtggtaccctgctaacgatagaagcttaatttgatatataagattgttcgcttataaaaaatttttaggtgttagaaccttagatatctgatggcactggagtaaaaacctaatatagatcgtgtgttgaacgatgttgtacatttgatgctaaagtgccctacttgggtatgctaattacgtaagagcggtaattatataaaacgaatttaaataaacagaaaattatatgaaatggggaagtatcccactcgattatttatcggcgatataatgcaatgatttataa Predict TransTerm conf > 70================================================ Find igs database================================================ Query_seq: AA01895:AA01896|AA01895:AA01896:hypothetical protein:hypothetical protein:->->:1280662..1281100 439 tagttttatttttaattagccagagttagtcagtttttattttaagggaaaaggctgcttaaattagtcctagtagctacgtgaattagcttgcttcactaggaaggtagttgtaaatataagtgaaaaaatgcatcaattcagaatgaagtggtaccctgctaacgatagaagcttaatttgatatataagattgttcgcttataaaaaatttttaggtgttagaaccttagatatctgatggcactggagtaaaaacctaatatagatcgtgtgttgaacgatgttgtacatttgatgctaaagtgccctacttgggtatgctaattacgtaagagcggtaattatataaaacgaatttaaataaacagaaaattatatgaaatggggaagtatcccactcgattatttatcggcgatataatgcaatgatttataa Intra-Species Hit: Count: 1 Min: 1 Max: 439 Len: 439 Subject: aact_AA01895_AA01896|hypothetical protein:hypothetical protein|POSITIVE:POSITIVE|[1280662,1281100]|439 HSP 1 e-value: 0.0 bit: 870.0 Len: 439 Query Start:1 Query End:439 Subject Strand: POSITIVE Subject Start: 1 Subject End: 439 tagttttatttttaattagccagagttagtcagtttttattttaagggaaaaggctgcttaaattagtcctagtagctacgtgaattagcttgcttcactaggaaggtagttgtaaatataagtgaaaaaatgcatcaattcagaatgaagtggtaccctgctaacgatagaagcttaatttgatatataagattgttcgcttataaaaaatttttaggtgttagaaccttagatatctgatggcactggagtaaaaacctaatatagatcgtgtgttgaacgatgttgtacatttgatgctaaagtgccctacttgggtatgctaattacgtaagagcggtaattatataaaacgaatttaaataaacagaaaattatatgaaatggggaagtatcccactcgattatttatcggcgatataatgcaatgatttataa tagttttatttttaattagccagagttagtcagtttttattttaagggaaaaggctgcttaaattagtcctagtagctacgtgaattagcttgcttcactaggaaggtagttgtaaatataagtgaaaaaatgcatcaattcagaatgaagtggtaccctgctaacgatagaagcttaatttgatatataagattgttcgcttataaaaaatttttaggtgttagaaccttagatatctgatggcactggagtaaaaacctaatatagatcgtgtgttgaacgatgttgtacatttgatgctaaagtgccctacttgggtatgctaattacgtaagagcggtaattatataaaacgaatttaaataaacagaaaattatatgaaatggggaagtatcccactcgattatttatcggcgatataatgcaatgatttataa Inter-species Hit: Count: 0 Predict Forward Strand Minimun Free Energy by RNAFold (ViennaRNA) ================================================ UAGUUUUAUUUUUAAUUAGCCAGAGUUAGUCAGUUUUUAUUUUAAGGGAAAAGGCUGCUUAAAUUAGUCCUAGUAGCUACGUGAAUUAGCUUGCUUCACUAGGAAGGUAGUUGUAAAUAUAAGUGAAAAAAUGCAUCAAUUCAGAAUGAAGUGGUACCCUGCUAACGAUAGAAGCUUAAUUUGAUAUAUAAGAUUGUUCGCUUAUAAAAAAUUUUUAGGUGUUAGAACCUUAGAUAUCUGAUGGCACUGGAGUAAAAACCUAAUAUAGAUCGUGUGUUGAACGAUGUUGUACAUUUGAUGCUAAAGUGCCCUACUUGGGUAUGCUAAUUACGUAAGAGCGGUAAUUAUAUAAAACGAAUUUAAAUAAACAGAAAAUUAUAUGAAAUGGGGAAGUAUCCCACUCGAUUAUUUAUCGGCGAUAUAAUGCAAUGAUUUAUAA ..(((((((...((((((.((..(((((((...(((((((((..........((((((((.......((((((((((...((......))..)))..)))))))))))))))........)))))))))...(((((((.(((((...((((......((((....).)))..))))..)))))..(((((.((((((((..((((........((((((.((((..((((((....)))).))..)))).......)))))).........)))).)))))))).)))))...)))))))....((((((.....))))))))))))).(....)...)))))))).)))))))........(((((((....(((((((......((((....))))..(((((.....)))))..)))))))....)).))))).. (-96.51) Predict Reverse Strand Minimun Free Energy by RNAFold (ViennaRNA) ================================================ UUAUAAAUCAUUGCAUUAUAUCGCCGAUAAAUAAUCGAGUGGGAUACUUCCCCAUUUCAUAUAAUUUUCUGUUUAUUUAAAUUCGUUUUAUAUAAUUACCGCUCUUACGUAAUUAGCAUACCCAAGUAGGGCACUUUAGCAUCAAAUGUACAACAUCGUUCAACACACGAUCUAUAUUAGGUUUUUACUCCAGUGCCAUCAGAUAUCUAAGGUUCUAACACCUAAAAAUUUUUUAUAAGCGAACAAUCUUAUAUAUCAAAUUAAGCUUCUAUCGUUAGCAGGGUACCACUUCAUUCUGAAUUGAUGCAUUUUUUCACUUAUAUUUACAACUACCUUCCUAGUGAAGCAAGCUAAUUCACGUAGCUACUAGGACUAAUUUAAGCAGCCUUUUCCCUUAAAAUAAAAACUGACUAACUCUGGCUAAUUAAAAAUAAAACUA ..(((((.((..(.(((((((...((((.....)))).(.((((....))))).....))))))).)..)))))))........(((((((.......((....(((((((((((((...(((.....))).......(((((((..((((...(((((.......)))))........((........)).))))..(((((.......(((......((((...(((((..((((((........))))))....)))))..(((.........))).))))))).......))))).)))))))....(((((((.....................)))))))...))))))).))))))......)).....(((((..((((...............................))))..))))).))))))).. (-74.32) Find mRNA Target Using Conserved IGS================================================ 5'END mRNA Target Prediction=================================== Score srna_start srna_end target_start tegart_end seq_id 298 108 68 136 98 aact:AA01423|5end_cell_division_protein_X,_ABC_system_permease_956668..956898_POSITIVE 296 253 219 200 169 aact:AA00195|5end_conserved_hypothetical_protein_136931..137161_POSITIVE 282 427 381 223 176 aact:AA02154|5end_possible_ATP-binding_protein_of_ABC_transporter_1473543..1473773_POSITIVE 278 319 271 113 61 aact:AA01019|5end_conserved_hypothetical_protein_712223..712453_POSITIVE 277 403 362 101 43 aact:AA02434|5end_membrane_protein_1678547..1678777_POSITIVE 277 342 306 121 74 aact:AA00124|5end_conserved_hypothetical_protein_(possible_cytoplasmic_protein)_90270..90500_POSITIVE 277 342 306 72 25 aact:AA00123|5end_hypothetical_protein_90221..90451_POSITIVE 277 342 306 63 16 aact:AA00122|5end_hypothetical_protein_90212..90442_POSITIVE 273 113 73 187 145 aact:AA02974|5end_conserved_hypothetical_protein_2078990..2079220_POSITIVE 273 340 295 59 14 aact:AA01688|5end_conserved_hypothetical_protein;_possible_membrane_protein_1139635..1139865_POSITIVE 273 100 55 212 161 aact:AA01332|5end_galactosyltransferase_II_898875..899105_POSITIVE 272 310 262 140 94 aact:AA01289|5end_hypothetical_protein_872385..872615_POSITIVE 269 178 131 230 172 aact:AA02292|5end_DNA-binding_protein_H-NS_1562922..1563152_POSITIVE 268 310 264 181 130 aact:AA01484|5end_ATP_synthase_F1,_subunit_gamma_997675..997905_POSITIVE 268 175 137 148 98 aact:AA00863|5end_conserved_hypothetical_protein_596679..596909_POSITIVE 268 288 241 73 12 aact:AA00544|5end_glutathionylspermidine_synthetase;amidase_372448..372678_POSITIVE 265 310 270 101 56 aact:AA01270|5end_hydrolase_(possible_2-haloalkanoic_acid_dehalogenase_I)_863317..863547_POSITIVE 265 320 272 69 20 aact:AA00058|5end_cytochrome_c-type_biogenesis_protein_44664..44894_POSITIVE 263 108 67 201 156 aact:AA01390|5end_LexA_repressor_937059..937289_POSITIVE 263 108 67 98 53 aact:AA01389|5end_hypothetical_protein_936956..937186_POSITIVE 3'END mRNA Target Prediction=================================== Score srna_start srna_end target_start tegart_end seq_id 298 108 68 124 86 aact:AA01422|3end_cell_division_protein_E,_ABC_system_ATP-binding_protein_956736..956886_POSITIVE 286 345 305 43 12 aact:AA01651|3end_hypothetical_protein_1120004..1120154_POSITIVE 284 428 386 52 6 aact:AA02281|3end_phosphoglycerate_transport_system_activator_protein_1553474..1553624_POSITIVE 278 319 271 110 58 aact:AA01018|3end_conserved_hypothetical_protein_(possible_transcriptional_regulator)_712300..712450_POSITIVE 277 342 306 52 5 aact:AA00120|3end_ATP-dependent_Clp_protease_ATP-binding_subunit_90281..90431_POSITIVE 273 113 73 115 73 aact:AA02973|3end_tyrosine-specific_transport_protein_2078998..2079148_POSITIVE 272 340 292 150 87 aact:AA00468|3end_tryptophan-specific_transport_protein_/_tyrosine-specific_transport_protein_326124..326274_POSITIVE 268 318 271 149 102 aact:AA01695|3end_carbohydrate_transport_protein_1152294..1152444_POSITIVE 268 175 137 104 54 aact:AA00862|3end_conserved_hypothetical_protein_596715..596865_POSITIVE 265 310 270 117 72 aact:AA01269|3end_hypothetical_protein_863413..863563_POSITIVE 265 320 272 66 17 aact:AA00057|3end_cytochrome_c-type_biogenesis_protein_44741..44891_POSITIVE 263 108 67 46 1 aact:AA01388|3end_30S_ribosomal_protein_S6_936984..937134_POSITIVE 262 251 219 51 20 aact:AA02357|3end_bifunctional_protein:_aspartokinase_I;_homoserine_dehydrogenaseI_1617192..1617342_POSITIVE 261 341 306 151 105 aact:AA00122|3end_hypothetical_protein_90381..90531_POSITIVE 260 256 215 72 29 aact:AA01525|3end_amino_acid_ABC_transporter,_permease_component_1025079..1025229_POSITIVE 259 320 271 92 50 aact:AA01044|3end_A/G-specific_adenine_glycosylase_727978..728128_POSITIVE 258 312 273 151 106 aact:AA00636|3end_MrsA_protein_(phosphoglucomutase/phosphomannomutase)_438194..438344_POSITIVE 257 107 64 151 105 aact:AA01226|3end_IS200-like_transposase_ISAa1_838511..838661_POSITIVE 253 149 101 134 85 aact:AA02456|3end_conserved_hypothetical_protein_1695422..1695572_POSITIVE 253 260 218 144 102 aact:AA00601|3end_hypothetical_protein_409119..409269_POSITIVE