Origin IGS: ggtaatgctccttgaaatgtagagttaatataaatattcatgcgtaaatttcgtttgttggcggcggataataaatatttataatgatttttcaaagatgttttttgataaaatgtgagcaatgtcacgatttattttattgaaatacttatgtgtgattagaaatttcgaatcaagagttggagttgttatctaaggttaaaatgttagctaagtctggaatttaataaatttttaacatattttaatagaaaaatttaaaaaaaaagattccattaatgaaaatgattgtttatgattataaatgattaaattattctactaaacctaaaaaaaggagttattgt .........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9 acaataactcctttttttaggtttagtagaataatttaatcatttataatcataaacaatcattttcattaatggaatctttttttttaaatttttctattaaaatatgttaaaaatttattaaattccagacttagctaacattttaaccttagataacaactccaactcttgattcgaaatttctaatcacacataagtatttcaataaaataaatcgtgacattgctcacattttatcaaaaaacatctttgaaaaatcattataaatatttattatccgccgccaacaaacgaaatttacgcatgaatatttatattaactctacatttcaaggagcattacc Mask Tandem Repeat Region ================================================ ggtaatgctccttgaaatgtagagttaatataaatattcatgcgtaaatttcgtttgttggcggcggataataaatatttataatgatttttcaaagatgttttttgataaaatgtgagcaatgtcacgatttattttattgaaatacttatgtgtgattagaaatttcgaatcaagagttggagttgttatctaaggttaaaatgttagctaagtctggaatttaataaatttttaacatattttaatagaaaaatttaaaaaaaaagattccattaatgaaaatgattgtttatgattataaatgattaaattattctactaaacctaaaaaaaggagttattgt Find is-nt database================================================ Query_seq: AA01695:AA01696|AA01695:AA01696:carbohydrate transport protein:conserved hypothetical protein:->->:1152355..1152701 347 ggtaatgctccttgaaatgtagagttaatataaatattcatgcgtaaatttcgtttgttggcggcggataataaatatttataatgatttttcaaagatgttttttgataaaatgtgagcaatgtcacgatttattttattgaaatacttatgtgtgattagaaatttcgaatcaagagttggagttgttatctaaggttaaaatgttagctaagtctggaatttaataaatttttaacatattttaatagaaaaatttaaaaaaaaagattccattaatgaaaatgattgtttatgattataaatgattaaattattctactaaacctaaaaaaaggagttattgt Intra-Species Hit: Count: 0 Inter-species Hit: Count: 0 Find is-aa database================================================ Query_seq: AA01695:AA01696|AA01695:AA01696:carbohydrate transport protein:conserved hypothetical protein:->->:1152355..1152701 347 ggtaatgctccttgaaatgtagagttaatataaatattcatgcgtaaatttcgtttgttggcggcggataataaatatttataatgatttttcaaagatgttttttgataaaatgtgagcaatgtcacgatttattttattgaaatacttatgtgtgattagaaatttcgaatcaagagttggagttgttatctaaggttaaaatgttagctaagtctggaatttaataaatttttaacatattttaatagaaaaatttaaaaaaaaagattccattaatgaaaatgattgtttatgattataaatgattaaattattctactaaacctaaaaaaaggagttattgt Intra-Species Hit: Count: 0 Inter-species Hit: Count: 0 Find nr database================================================ Query_seq: AA01695:AA01696|AA01695:AA01696:carbohydrate transport protein:conserved hypothetical protein:->->:1152355..1152701 347 ggtaatgctccttgaaatgtagagttaatataaatattcatgcgtaaatttcgtttgttggcggcggataataaatatttataatgatttttcaaagatgttttttgataaaatgtgagcaatgtcacgatttattttattgaaatacttatgtgtgattagaaatttcgaatcaagagttggagttgttatctaaggttaaaatgttagctaagtctggaatttaataaatttttaacatattttaatagaaaaatttaaaaaaaaagattccattaatgaaaatgattgtttatgattataaatgattaaattattctactaaacctaaaaaaaggagttattgt Intra-Species Hit: Count: 0 Inter-species Hit: Count: 0 ggtaatgctccttgaaatgtagagttaatataaatattcatgcgtaaatttcgtttgttggcggcggataataaatatttataatgatttttcaaagatgttttttgataaaatgtgagcaatgtcacgatttattttattgaaatacttatgtgtgattagaaatttcgaatcaagagttggagttgttatctaaggttaaaatgttagctaagtctggaatttaataaatttttaacatattttaatagaaaaatttaaaaaaaaagattccattaatgaaaatgattgtttatgattataaatgattaaattattctactaaacctaaaaaaaggagttattgt Predict ORF larger than 30AA ================================================ Protein_Len: 37 Strand: - Start: 82 End: 192 ................................................................................. L S K E F I N K S L I H A I D R N I K N F Y K H T I L F K S D L T P T T M ........................................................................................................................................................... Protein_Len: 43 Strand: - Start: 3 End: 131 .. L A G Q F T S N I Y I N M R L N R K N A A S L L Y K Y H N K L S T K Q Y F T L L T V M ........................................................................................................................................................................................................................ ggtaatgctccttgaaatgtagagttaatataaatattcatgcgtaaatttcgtttgttggcggcggataataaatatttataatgatttttcaaagatgttttttgataaaatgtgagcaatgtcacgatttattttattgaaatacttatgtgtgattagaaatttcgaatcaagagttggagttgttatctaaggttaaaatgttagctaagtctggaatttaataaatttttaacatattttaatagaaaaatttaaaaaaaaagattccattaatgaaaatgattgtttatgattataaatgattaaattattctactaaacctaaaaaaaggagttattgt Predict Promoter with matrix: RpoD-15 score > 80================================================ Predict Promoter with matrix: RpoD-16 score > 80================================================ Predict Promoter with matrix: RpoD-17 score > 80================================================ Predict Promoter with matrix: RpoD-18 score > 80================================================ Predict Promoter with matrix: RpoD-19 score > 80================================================ Predict Promoter with matrix: RpoN score > 80================================================ ggtaatgctccttgaaatgtagagttaatataaatattcatgcgtaaatttcgtttgttggcggcggataataaatatttataatgatttttcaaagatgttttttgataaaatgtgagcaatgtcacgatttattttattgaaatacttatgtgtgattagaaatttcgaatcaagagttggagttgttatctaaggttaaaatgttagctaagtctggaatttaataaatttttaacatattttaatagaaaaatttaaaaaaaaagattccattaatgaaaatgattgtttatgattataaatgattaaattattctactaaacctaaaaaaaggagttattgt Predict TransTerm conf > 70================================================ Find igs database================================================ Query_seq: AA01695:AA01696|AA01695:AA01696:carbohydrate transport protein:conserved hypothetical protein:->->:1152355..1152701 347 ggtaatgctccttgaaatgtagagttaatataaatattcatgcgtaaatttcgtttgttggcggcggataataaatatttataatgatttttcaaagatgttttttgataaaatgtgagcaatgtcacgatttattttattgaaatacttatgtgtgattagaaatttcgaatcaagagttggagttgttatctaaggttaaaatgttagctaagtctggaatttaataaatttttaacatattttaatagaaaaatttaaaaaaaaagattccattaatgaaaatgattgtttatgattataaatgattaaattattctactaaacctaaaaaaaggagttattgt Intra-Species Hit: Count: 1 Min: 1 Max: 329 Len: 329 Subject: aact_AA01695_AA01696|carbohydrate transport protein:conserved hypothetical protein|POSITIVE:POSITIVE|[1152355,1152701]|347 HSP 1 e-value: 1.0E-170 bit: 599.0 Len: 329 Query Start:1 Query End:329 Subject Strand: POSITIVE Subject Start: 1 Subject End: 329 ggtaatgctccttgaaatgtagagttaatataaatattcatgcgtaaatttcgtttgttggcggcggataataaatatttataatgatttttcaaagatgttttttgataaaatgtgagcaatgtcacgatttattttattgaaatacttatgtgtgattagaaatttcgaatcaagagttggagttgttatctaaggttaaaatgttagctaagtctggaatttaataaatttttaacatattttaatagaaaaatttnnnnnnnnngattccattaatgaaaatgattgtttatgattataaatgattaaattattctactaaacct.................. ggtaatgctccttgaaatgtagagttaatataaatattcatgcgtaaatttcgtttgttggcggcggataataaatatttataatgatttttcaaagatgttttttgataaaatgtgagcaatgtcacgatttattttattgaaatacttatgtgtgattagaaatttcgaatcaagagttggagttgttatctaaggttaaaatgttagctaagtctggaatttaataaatttttaacatattttaatagaaaaatttaaaaaaaaagattccattaatgaaaatgattgtttatgattataaatgattaaattattctactaaacct.................. Inter-species Hit: Count: 0 Predict Forward Strand Minimun Free Energy by RNAFold (ViennaRNA) ================================================ GGUAAUGCUCCUUGAAAUGUAGAGUUAAUAUAAAUAUUCAUGCGUAAAUUUCGUUUGUUGGCGGCGGAUAAUAAAUAUUUAUAAUGAUUUUUCAAAGAUGUUUUUUGAUAAAAUGUGAGCAAUGUCACGAUUUAUUUUAUUGAAAUACUUAUGUGUGAUUAGAAAUUUCGAAUCAAGAGUUGGAGUUGUUAUCUAAGGUUAAAAUGUUAGCUAAGUCUGGAAUUUAAUAAAUUUUUAACAUAUUUUAAUAGAAAAAUUUAAAAAAAAAGAUUCCAUUAAUGAAAAUGAUUGUUUAUGAUUAUAAAUGAUUAAAUUAUUCUACUAAACCU (((((((((((......((.(((((((.((((((((((.((.(((......((((....))))))).))....)))))))))).))))))).)).....((.(((..(((((((((((......)))).....)))))))..))).)).......(((((.((....)).)))))......)))).)))))))..(((((.................((((((((..(((((((((....(((....))).))))))))).......))))))))..........((((..(((((....)))))..)))).............))))) (-54.40) Predict Reverse Strand Minimun Free Energy by RNAFold (ViennaRNA) ================================================ AGGUUUAGUAGAAUAAUUUAAUCAUUUAUAAUCAUAAACAAUCAUUUUCAUUAAUGGAAUCUUUUUUUUUAAAUUUUUCUAUUAAAAUAUGUUAAAAAUUUAUUAAAUUCCAGACUUAGCUAACAUUUUAACCUUAGAUAACAACUCCAACUCUUGAUUCGAAAUUUCUAAUCACACAUAAGUAUUUCAAUAAAAUAAAUCGUGACAUUGCUCACAUUUUAUCAAAAAACAUCUUUGAAAAAUCAUUAUAAAUAUUUAUUAUCCGCCGCCAACAAACGAAAUUUACGCAUGAAUAUUUAUAUUAACUCUACAUUUCAAGGAGCAUUACC ...((((((((((.(((((((...(((((....)))))...(((((......)))))...........))))))).))))))))))..((((((...(((((((.........(((((.((((..........)))).................(((((.((....)).)))))....)))))..........)))))))..))))))(((((..(((((.(((((.......))))))))))...(((((((((((((.......((........))..........)))))))))))))..................)))))..... (-39.74) Find mRNA Target Using Conserved IGS================================================ 5'END mRNA Target Prediction=================================== Score srna_start srna_end target_start tegart_end seq_id 319 68 40 215 186 aact:AA01313|5end_deoxyuridinetriphosphatase;_deoxyuridine_5'-triphosphate_nucleotidohydrolase_889567..889797_POSITIVE 316 68 34 115 72 aact:AA00531|5end_DNA_polymerase_I_362621..362851_POSITIVE 297 68 41 231 204 aact:AA01154|5end_sec-independent_protein_translocase_protein_790832..791062_POSITIVE 287 67 40 53 17 aact:AA01188|5end_conserved_hypothetical_protein_813912..814142_POSITIVE 279 67 29 145 104 aact:AA00866|5end_conserved_hypothetical_protein_599925..600155_POSITIVE 274 130 110 178 158 aact:AA00309|5end_3-hydroxyisobutyrate_dehydrogenase;_2-hydroxy-3-oxopropionate_reductase_209285..209515_POSITIVE 273 67 21 160 113 aact:AA00295|5end_hypothetical_protein_202267..202497_POSITIVE 268 67 37 42 8 aact:AA02443|5end_cytochrome_C_related_protein_1686202..1686432_POSITIVE 266 69 41 75 49 aact:AA01629|5end_phosphatidylglycerophosphatase_A_1101881..1102111_POSITIVE 265 68 42 154 129 aact:AA00287|5end_glutamate_5-kinase_(gamma-glutamyl_kinase)_200158..200388_POSITIVE 261 87 41 90 43 aact:AA00280|5end_adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate;_7,8-diamino-perlargonic_acid_ATase_196430..196660_POSITIVE 260 69 39 208 178 aact:AA00909|5end_molybdopterin-guanine_dinucleotide_biosynthesis_protein_B_626594..626824_POSITIVE 254 67 36 119 86 aact:AA01756|5end_cobalt_membrane_transport_protein_1186475..1186705_POSITIVE 254 76 43 164 132 aact:AA00409|5end_methionyl-tRNA_formyltransferase_273611..273841_POSITIVE 253 68 42 207 179 aact:AA00256|5end_rare_lipoprotein_A_precursor_178800..179030_POSITIVE 252 72 37 95 56 aact:AA02980|5end_conserved_hypothetical_protein_2083305..2083535_POSITIVE 251 67 42 176 151 aact:AA02034|5end_ferredoxin_NADP+_reductase_1385198..1385428_POSITIVE 251 67 42 58 33 aact:AA02032|5end_hypothetical_protein_1385080..1385310_POSITIVE 246 70 37 149 116 aact:AA02385|5end_dicarboxylate-binding_periplasmic_protein_1633111..1633341_POSITIVE 243 67 41 48 18 aact:AA01413|5end_conserved_hypothetical_protein_951773..952003_POSITIVE 3'END mRNA Target Prediction=================================== Score srna_start srna_end target_start tegart_end seq_id 316 68 34 82 39 aact:AA00530|3end_hypothetical_protein_362668..362818_POSITIVE 287 67 40 53 17 aact:AA01187|3end_conserved_hypothetical_protein_813992..814142_POSITIVE 278 70 31 139 96 aact:AA02747|3end_ribose-phosphate_pyrophosphokinase;_phosphoribosylpyrophosphate_synthase_1925258..1925408_POSITIVE 273 67 21 151 104 aact:AA00292|3end_dihydrofolate_reductase_202338..202488_POSITIVE 266 69 41 62 36 aact:AA01628|3end_thiamin-monophosphate_kinase_1101948..1102098_POSITIVE 262 67 41 32 2 aact:AA02442|3end_thioredoxin-family_protein_1686272..1686422_POSITIVE 261 87 41 94 47 aact:AA00279|3end_8-amino-7-oxonoanoate_synthase_196514..196664_POSITIVE 260 69 39 124 94 aact:AA00908|3end_probable_sigma-E_factor_regulatory_protein_626590..626740_POSITIVE 260 69 39 84 54 aact:AA00909.1|3end_hypothetical_protein_626550..626700_POSITIVE 254 67 36 119 86 aact:AA01755|3end_cobalt_membrane_transport_protein_1186555..1186705_POSITIVE 253 68 42 101 73 aact:AA00254|3end_penicillin-binding_protein_5_178774..178924_POSITIVE 251 67 42 53 28 aact:AA02031|3end_type_III_site-specific_deoxyribonuclease_1385155..1385305_POSITIVE 246 70 37 91 58 aact:AA02384|3end_2-dehydro-3-deoxygluconokinase_1633133..1633283_POSITIVE 246 69 30 59 21 aact:AA01467|3end_mannose-specific_phosphotransferase_system_IID_987214..987364_POSITIVE 241 67 39 46 12 aact:AA00248|3end_hypothetical_protein_174049..174199_POSITIVE 240 67 42 40 11 aact:AA01181|3end_conserved_hypothetical_protein_809294..809444_POSITIVE 235 77 39 55 17 aact:AA00760|3end_conserved_hypothetical_protein_(possible_peptidase)_523815..523965_POSITIVE 232 66 41 84 60 aact:AA01573|3end_peptide_transport_periplasmic_protein_1061454..1061604_POSITIVE 230 74 42 148 113 aact:AA02821|3end_ribosomal-protein-alanine_acetyltransferase_1982775..1982925_POSITIVE 227 77 36 68 28 aact:AA00636|3end_MrsA_protein_(phosphoglucomutase/phosphomannomutase)_438194..438344_POSITIVE