Origin IGS: tttttaaaattaattaaagtcctatattttaaatttaatatttgaattttaaataatcatatagtttaagttttagtccgatatattattttttataaaaactataaaaataatatttatttataactactatataaaaaaatatatccgatatttttaaattaaatataatttctaaattataaattaactatatgattttataatttaatgttataagaaaaaatttttaaatagataatatttttatagaagagaaactaaaatgaataaaaatactaatattattaagtttaatgaaattaaggaaaaaactggaataaatgtattggattataacagtggaatttatttttttaacaatcctgatgatgtaggacctgattcttttttttactgtatatgaaggagatgttgaattagactatttaggaatggctgatttttatgaatgcaaaaagagagcttatcttgtgattgggaatttaactgttaatggttttttaaatatgtgtggtagtgatgtaggatatccaatataactttatttaacaggcaatttaaaagtaaaaaatattagcatagcaaccctttctgaattaatagttttaggaaatattgaagttgaagatagt .........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9 actatcttcaacttcaatatttcctaaaactattaattcagaaagggttgctatgctaatattttttacttttaaattgcctgttaaataaagttatattggatatcctacatcactaccacacatatttaaaaaaccattaacagttaaattcccaatcacaagataagctctctttttgcattcataaaaatcagccattcctaaatagtctaattcaacatctccttcatatacagtaaaaaaaagaatcaggtcctacatcatcaggattgttaaaaaaataaattccactgttataatccaatacatttattccagttttttccttaatttcattaaacttaataatattagtatttttattcattttagtttctcttctataaaaatattatctatttaaaaattttttcttataacattaaattataaaatcatatagttaatttataatttagaaattatatttaatttaaaaatatcggatatatttttttatatagtagttataaataaatattatttttatagtttttataaaaaataatatatcggactaaaacttaaactatatgattatttaaaattcaaatattaaatttaaaatataggactttaattaattttaaaaa Mask Tandem Repeat Region ================================================ tttttaaaattaattaaagtcctatattttaaatttaatatttgaattttaaataatcatatagtttaagttttagtccgatatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccgatatttttaaattaaatataatttctaaattataaattaactatatgattttataatttaatgttataagaaaaaatttttaaatagataatatttttatagaagagaaactaaaatgaataaaaatactaatattattaagtttaatgaaattaaggaaaaaactggaataaatgtattggattataacagtggaatttatttttttaacaatcctgatgatgtaggacctgattcttttttttactgtatatgaaggagatgttgaattagactatttaggaatggctgatttttatgaatgcaaaaagagagcttatcttgtgattgggaatttaactgttaatggttttttaaatatgtgtggtagtgatgtaggatatccaatataactttatttaacaggcaatttaaaagtaaaaaatattagcatagcaaccctttctgaattaatagttttaggaaatattgaagttgaagatagt Find is-nt database================================================ Query_seq: FN0837:FN0838|FN0837:FN0838:Integrase/recombinase:hypothetical protein:->->:1500252..1500886 635 tttttaaaattaattaaagtcctatattttaaatttaatatttgaattttaaataatcatatagtttaagttttagtccgatatattattttttataaaaactataaaaataatatttatttataactactatataaaaaaatatatccgatatttttaaattaaatataatttctaaattataaattaactatatgattttataatttaatgttataagaaaaaatttttaaatagataatatttttatagaagagaaactaaaatgaataaaaatactaatattattaagtttaatgaaattaaggaaaaaactggaataaatgtattggattataacagtggaatttatttttttaacaatcctgatgatgtaggacctgattcttttttttactgtatatgaaggagatgttgaattagactatttaggaatggctgatttttatgaatgcaaaaagagagcttatcttgtgattgggaatttaactgttaatggttttttaaatatgtgtggtagtgatgtaggatatccaatataactttatttaacaggcaatttaaaagtaaaaaatattagcatagcaaccctttctgaattaatagttttaggaaatattgaagttgaagatagt Intra-Species Hit: Count: 0 Inter-species Hit: Count: 0 Find is-aa database================================================ Query_seq: FN0837:FN0838|FN0837:FN0838:Integrase/recombinase:hypothetical protein:->->:1500252..1500886 635 tttttaaaattaattaaagtcctatattttaaatttaatatttgaattttaaataatcatatagtttaagttttagtccgatatattattttttataaaaactataaaaataatatttatttataactactatataaaaaaatatatccgatatttttaaattaaatataatttctaaattataaattaactatatgattttataatttaatgttataagaaaaaatttttaaatagataatatttttatagaagagaaactaaaatgaataaaaatactaatattattaagtttaatgaaattaaggaaaaaactggaataaatgtattggattataacagtggaatttatttttttaacaatcctgatgatgtaggacctgattcttttttttactgtatatgaaggagatgttgaattagactatttaggaatggctgatttttatgaatgcaaaaagagagcttatcttgtgattgggaatttaactgttaatggttttttaaatatgtgtggtagtgatgtaggatatccaatataactttatttaacaggcaatttaaaagtaaaaaatattagcatagcaaccctttctgaattaatagttttaggaaatattgaagttgaagatagt Intra-Species Hit: Count: 0 Inter-species Hit: Count: 0 Find nr database================================================ Query_seq: FN0837:FN0838|FN0837:FN0838:Integrase/recombinase:hypothetical protein:->->:1500252..1500886 635 tttttaaaattaattaaagtcctatattttaaatttaatatttgaattttaaataatcatatagtttaagttttagtccgatatattattttttataaaaactataaaaataatatttatttataactactatataaaaaaatatatccgatatttttaaattaaatataatttctaaattataaattaactatatgattttataatttaatgttataagaaaaaatttttaaatagataatatttttatagaagagaaactaaaatgaataaaaatactaatattattaagtttaatgaaattaaggaaaaaactggaataaatgtattggattataacagtggaatttatttttttaacaatcctgatgatgtaggacctgattcttttttttactgtatatgaaggagatgttgaattagactatttaggaatggctgatttttatgaatgcaaaaagagagcttatcttgtgattgggaatttaactgttaatggttttttaaatatgtgtggtagtgatgtaggatatccaatataactttatttaacaggcaatttaaaagtaaaaaatattagcatagcaaccctttctgaattaatagttttaggaaatattgaagttgaagatagt Intra-Species Hit: Count: 0 Inter-species Hit: Count: 0 tttttaaaattaattaaagtcctatattttaaatttaatatttgaattttaaataatcatatagtttaagttttagtccgatatattattttttataaaaactataaaaataatatttatttataactactatataaaaaaatatatccgatatttttaaattaaatataatttctaaattataaattaactatatgattttataatttaatgttataagaaaaaatttttaaatagataatatttttatagaagagaaactaaaatgaataaaaatactaatattattaagtttaatgaaattaaggaaaaaactggaataaatgtattggattataacagtggaatttatttttttaacaatcctgatgatgtaggacctgattcttttttttactgtatatgaaggagatgttgaattagactatttaggaatggctgatttttatgaatgcaaaaagagagcttatcttgtgattgggaatttaactgttaatggttttttaaatatgtgtggtagtgatgtaggatatccaatataactttatttaacaggcaatttaaaagtaaaaaatattagcatagcaaccctttctgaattaatagttttaggaaatattgaagttgaagatagt Predict ORF larger than 30AA ================================================ Protein_Len: 46 Strand: + Start: 266 End: 403 ......................................................................................................................................................................................................................................................................... M N K N T N I I K F N E I K E K T G I N V L D Y N S G I Y F F N N P D D V G P D S F F Y C I ........................................................................................................................................................................................................................................ Protein_Len: 53 Strand: + Start: 381 End: 539 ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ M I L F F T V Y E G D V E L D Y L G M A D F Y E C K K R A Y L V I G N L T V N G F L N M C G S D V G Y P I ................................................................................................ Protein_Len: 51 Strand: - Start: 233 End: 385 ........................................................................................................................................................................................................................................ I S L I K I S S F S F H I F I S I N N L K I F N L F F S S Y I Y Q I I V T S N I K K V I R I I Y S R M .......................................................................................................................................................................................................................................................... Protein_Len: 33 Strand: - Start: 89 End: 187 ........................................................................................ K K Y F S Y F Y Y K N I V V I Y F F I D S I K L N F I I E L N Y M ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ tttttaaaattaattaaagtcctatattttaaatttaatatttgaattttaaataatcatatagtttaagttttagtccgatatattattttttataaaaactataaaaataatatttatttataactactatataaaaaaatatatccgatatttttaaattaaatataatttctaaattataaattaactatatgattttataatttaatgttataagaaaaaatttttaaatagataatatttttatagaagagaaactaaaatgaataaaaatactaatattattaagtttaatgaaattaaggaaaaaactggaataaatgtattggattataacagtggaatttatttttttaacaatcctgatgatgtaggacctgattcttttttttactgtatatgaaggagatgttgaattagactatttaggaatggctgatttttatgaatgcaaaaagagagcttatcttgtgattgggaatttaactgttaatggttttttaaatatgtgtggtagtgatgtaggatatccaatataactttatttaacaggcaatttaaaagtaaaaaatattagcatagcaaccctttctgaattaatagttttaggaaatattgaagttgaagatagt Predict Promoter with matrix: RpoD-15 score > 80================================================ Predict Promoter with matrix: RpoD-16 score > 80================================================ Predict Promoter with matrix: RpoD-17 score > 80================================================ Predict Promoter with matrix: RpoD-18 score > 80================================================ Predict Promoter with matrix: RpoD-19 score > 80================================================ Predict Promoter with matrix: RpoN score > 80================================================ tttttaaaattaattaaagtcctatattttaaatttaatatttgaattttaaataatcatatagtttaagttttagtccgatatattattttttataaaaactataaaaataatatttatttataactactatataaaaaaatatatccgatatttttaaattaaatataatttctaaattataaattaactatatgattttataatttaatgttataagaaaaaatttttaaatagataatatttttatagaagagaaactaaaatgaataaaaatactaatattattaagtttaatgaaattaaggaaaaaactggaataaatgtattggattataacagtggaatttatttttttaacaatcctgatgatgtaggacctgattcttttttttactgtatatgaaggagatgttgaattagactatttaggaatggctgatttttatgaatgcaaaaagagagcttatcttgtgattgggaatttaactgttaatggttttttaaatatgtgtggtagtgatgtaggatatccaatataactttatttaacaggcaatttaaaagtaaaaaatattagcatagcaaccctttctgaattaatagttttaggaaatattgaagttgaagatagt Predict TransTerm conf > 70================================================ TransTerm Strand: + Conf: 53 HP_score: -2.7 Tail_Score: -4.57482 Start: 84 End: 115 Full_Region: AGTTTTAGTCCGATA TATTATTTTTTATA AAAAC TATAAAAATAATA TTTATTTATAACTAC ...................................................................................TATTATTTTTTATAAAAACTATAAAAATAATA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ TransTerm Strand: + Conf: 46 HP_score: -4.2 Tail_Score: -3.00214 Start: 90 End: 110 Full_Region: AGTCCGATATATTAT TTTTTATA AAAAC TATAAAAA TAATATTTATTTATA .........................................................................................TTTTTATAAAAACTATAAAAA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. Find igs database================================================ Query_seq: FN0837:FN0838|FN0837:FN0838:Integrase/recombinase:hypothetical protein:->->:1500252..1500886 635 tttttaaaattaattaaagtcctatattttaaatttaatatttgaattttaaataatcatatagtttaagttttagtccgatatattattttttataaaaactataaaaataatatttatttataactactatataaaaaaatatatccgatatttttaaattaaatataatttctaaattataaattaactatatgattttataatttaatgttataagaaaaaatttttaaatagataatatttttatagaagagaaactaaaatgaataaaaatactaatattattaagtttaatgaaattaaggaaaaaactggaataaatgtattggattataacagtggaatttatttttttaacaatcctgatgatgtaggacctgattcttttttttactgtatatgaaggagatgttgaattagactatttaggaatggctgatttttatgaatgcaaaaagagagcttatcttgtgattgggaatttaactgttaatggttttttaaatatgtgtggtagtgatgtaggatatccaatataactttatttaacaggcaatttaaaagtaaaaaatattagcatagcaaccctttctgaattaatagttttaggaaatattgaagttgaagatagt Intra-Species Hit: Count: 1 Min: 326 Max: 635 Len: 310 Subject: NC_003454_FN0837_FN0838|Integrase/recombinase:hypothetical protein|POSITIVE:POSITIVE|[1500252,1500886]|635 HSP 1 e-value: 1.0E-148 bit: 525.0 Len: 310 Query Start:326 Query End:635 Subject Strand: POSITIVE Subject Start: 326 Subject End: 635 .....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................gtattggattataacagtggaatttannnnnnnaacaatcctgatgatgtaggacctgattcnnnnnnnnactgtatatgaaggagatgttgaattagactatttaggaatggctgatttttatgaatgcaaaaagagagcttatcttgtgattgggaatttaactgttaatggttttttaaatatgtgtggtagtgatgtaggatatccaatataactttatttaacaggcaatttaaaagtaaaaaatattagcatagcaaccctttctgaattaatagttttaggaaatattgaagttgaagatagt .....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................gtattggattataacagtggaatttatttttttaacaatcctgatgatgtaggacctgattcttttttttactgtatatgaaggagatgttgaattagactatttaggaatggctgatttttatgaatgcaaaaagagagcttatcttgtgattgggaatttaactgttaatggttttttaaatatgtgtggtagtgatgtaggatatccaatataactttatttaacaggcaatttaaaagtaaaaaatattagcatagcaaccctttctgaattaatagttttaggaaatattgaagttgaagatagt Inter-species Hit: Count: 0 Predict Forward Strand Minimun Free Energy by RNAFold (ViennaRNA) ================================================ GUAUUGGAUUAUAACAGUGGAAUUUAUUUUUUUAACAAUCCUGAUGAUGUAGGACCUGAUUCUUUUUUUUACUGUAUAUGAAGGAGAUGUUGAAUUAGACUAUUUAGGAAUGGCUGAUUUUUAUGAAUGCAAAAAGAGAGCUUAUCUUGUGAUUGGGAAUUUAACUGUUAAUGGUUUUUUAAAUAUGUGUGGUAGUGAUGUAGGAUAUCCAAUAUAACUUUAUUUAACAGGCAAUUUAAAAGUAAAAAAUAUUAGCAUAGCAACCCUUUCUGAAUUAAUAGUUUUAGGAAAUAUUGAAGUUGAAGAUAGU .(((((........))))).........((((((((..(((..((...((((...((((((((((((((((.......)))))))))....))))))).)))).(((((..((((..(((((.((....)).))))).))))..)))))..))..))).......((((((((..(((((((((.(((.((..(((.((((.((....)).)))).)))........)).)))))))))))).......))))))))...(((...((((((((........))))))))...)))..)))))))).... (-55.30) Predict Reverse Strand Minimun Free Energy by RNAFold (ViennaRNA) ================================================ ACUAUCUUCAACUUCAAUAUUUCCUAAAACUAUUAAUUCAGAAAGGGUUGCUAUGCUAAUAUUUUUUACUUUUAAAUUGCCUGUUAAAUAAAGUUAUAUUGGAUAUCCUACAUCACUACCACACAUAUUUAAAAAACCAUUAACAGUUAAAUUCCCAAUCACAAGAUAAGCUCUCUUUUUGCAUUCAUAAAAAUCAGCCAUUCCUAAAUAGUCUAAUUCAACAUCUCCUUCAUAUACAGUAAAAAAAAGAAUCAGGUCCUACAUCAUCAGGAUUGUUAAAAAAAUAAAUUCCACUGUUAUAAUCCAAUAC ..............................(((.(((.(((((((((..(((........................(((.(((((((.....(((...((((((((..................))))))))..)))..))))))).))).......(((....))).))).))))))))).))).)))...........................................((((((((...............(((((........)))))((((.....))))......)))).))))......... (-26.67) Find mRNA Target Using Conserved IGS================================================ 5'END mRNA Target Prediction=================================== Score srna_start srna_end target_start tegart_end seq_id 313 90 41 52 4 NC_003454:FN0250|5end_hypothetical_protein_873196..873426_POSITIVE 313 90 41 52 4 NC_003454:FN2062|5end_hypothetical_protein_574646..574876_NEGATIVE 313 90 41 52 4 NC_003454:FN2051|5end_hypothetical_protein_560570..560800_NEGATIVE 236 145 101 61 9 NC_003454:FN1716|5end_hypothetical_protein_212476..212706_POSITIVE 232 188 145 67 20 NC_003454:FN1449|5end_Fusobacterium_outer_membrane_protein_family_2128109..2128339_NEGATIVE 229 240 191 116 71 NC_003454:FN0873|5end_Protease_IV_1534187..1534417_NEGATIVE 228 159 115 178 136 NC_003454:FN0053|5end_Branched-chain_amino_acid_transport_system_carrier_protein_689340..689570_POSITIVE 217 79 35 190 144 NC_003454:FN1369|5end_Zinc_finger_protein_2019006..2019236_NEGATIVE 214 307 265 208 162 NC_003454:FN0803|5end_trifunctional_thioredoxin/methionine_sulfoxide_reductase_A/B_protein_1463871..1464101_NEGATIVE 214 71 38 107 64 NC_003454:FN2047|5end_Fusobacterium_outer_membrane_protein_family_556383..556613_NEGATIVE 211 308 265 171 123 NC_003454:FN1479|5end_hypothetical_protein_2161269..2161499_NEGATIVE 202 169 124 221 179 NC_003454:FN1353|5end_ABC_transporter_permease_protein_2005386..2005616_NEGATIVE 201 159 113 227 184 NC_003454:FN1328|5end_Exodeoxyribonuclease_VII_small_subunit_1983129..1983359_NEGATIVE 199 118 72 53 2 NC_003454:FN1669|5end_Choline_transport_protein_166486..166716_NEGATIVE 198 110 64 87 38 NC_003454:FN1424|5end_ACYL-COA_dehydrogenase,_short-chain_specific_2092005..2092235_NEGATIVE 197 180 134 219 172 NC_003454:FN0539|5end_Ferrochelatase_1192651..1192881_NEGATIVE 195 244 203 101 63 NC_003454:FN1371|5end_Ribonuclease_HII_2020002..2020232_NEGATIVE 195 110 66 159 120 NC_003454:FN0534|5end_hypothetical_protein_1188858..1189088_POSITIVE 194 289 248 151 114 NC_003454:FN0444|5end_Phosphoadenosine_phosphosulfate_reductase_1083074..1083304_POSITIVE 193 58 14 72 9 NC_003454:FN0899|5end_3-oxoacyl-[acyl-carrier_protein]_reductase_1558457..1558687_POSITIVE 3'END mRNA Target Prediction=================================== Score srna_start srna_end target_start tegart_end seq_id 274 92 52 40 4 NC_003454:FN0249|3end_hypothetical_protein_873262..873412_POSITIVE 274 92 52 40 4 NC_003454:FN2063|3end_hypothetical_protein_574660..574810_NEGATIVE 274 92 52 40 4 NC_003454:FN2052|3end_hypothetical_protein_560584..560734_NEGATIVE 228 159 115 49 7 NC_003454:FN0052|3end_Arsenate_reductase_689291..689441_POSITIVE 214 307 265 126 80 NC_003454:FN0804|3end_Cytochrome_C-type_biogenesis_protein_ccdA_1463953..1464103_NEGATIVE 212 209 163 138 97 NC_003454:FN0882|3end_Hemin_transport_system_ATP-binding_protein_hmuV_1542947..1543097_NEGATIVE 211 308 265 126 78 NC_003454:FN1480|3end_MG2+_transporter_MGTE_2161314..2161464_NEGATIVE 207 116 71 75 30 NC_003454:FN0551|3end_Bacterial_regulatory_proteins,_crp_family_1203649..1203799_POSITIVE 201 90 51 145 106 NC_003454:FN0400|3end_Dipeptide_transport_ATP-binding_protein_dppF_1039700..1039850_POSITIVE 199 118 72 69 18 NC_003454:FN1670|3end_Choline_kinase_166470..166620_NEGATIVE 197 308 277 48 16 NC_003454:FN1018|3end_hypothetical_protein_1672145..1672295_NEGATIVE 195 244 203 81 43 NC_003454:FN1372|3end_Ribosomal_large_subunit_pseudouridine_synthase_D_2020022..2020172_NEGATIVE 192 119 77 85 40 NC_003454:FN1541|3end_Heptaprenyl_diphosphate_synthase_component_II_56275..56425_POSITIVE 190 67 23 92 48 NC_003454:FN1047|3end_Hypothetical_membrane-spanning_protein_1697971..1698121_POSITIVE 190 166 125 45 6 NC_003454:FN2007|3end_Glutathione_peroxidase_506877..507027_NEGATIVE 189 199 159 111 70 NC_003454:FN1356|3end_hypothetical_protein_2008160..2008310_POSITIVE 189 199 159 111 70 NC_003454:FN0510|3end_hypothetical_protein_1160168..1160318_NEGATIVE 189 310 264 126 83 NC_003454:FN0230|3end_hypothetical_protein_856519..856669_NEGATIVE 189 199 159 111 70 NC_003454:FN1882|3end_hypothetical_protein_368834..368984_POSITIVE 184 162 124 132 89 NC_003454:FN1173|3end_hypothetical_protein_1835529..1835679_POSITIVE