Origin IGS: taattattttgcctcaattctaataaaataaattaattgtttcaatatacaattaattacgacataatacttaaaactatgcataccattaatacaatattttctatttctaaaatacttataatacttctaatagctattcataattactagccaatccagttatcattgaattgattggtaaaatcctagataagctattttgttttctaagtatattaaatatctattaatgaataaatttcgataaatatattactaattttatttaaccccgcgcgaagcgtcaacctaacttccgcttaaccagcatttgcggctcgcccgcaatgtcaggttgaagcgggtgttaga .........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9 tctaacacccgcttcaacctgacattgcgggcgagccgcaaatgctggttaagcggaagttaggttgacgcttcgcgcggggttaaataaaattagtaatatatttatcgaaatttattcattaatagatatttaatatacttagaaaacaaaatagcttatctaggattttaccaatcaattcaatgataactggattggctagtaattatgaatagctattagaagtattataagtattttagaaatagaaaatattgtattaatggtatgcatagttttaagtattatgtcgtaattaattgtatattgaaacaattaatttattttattagaattgaggcaaaataatta Mask Tandem Repeat Region ================================================ taattattttgcctcaattctaataaaataaattaattgtttcaatatacaattaattacgacataatacttaaaactatgcataccattaatacaatattttctatttctaaaatacttataatacttctaatagctattcataattactagccaatccagttatcattgaattgattggtaaaatcctagataagctattttgttttctaagtatattaaatatctattaatgaataaatttcgataaatatattactaattttatttaaccccgcgcgaagcgtcaacctaacttccgcttaaccagcatttgcggctcgcccgcaatgtcaggttgaagcgggtgttaga Find is-nt database================================================ Query_seq: TDE1810:TDE1811|TDE1810:TDE1811:hypothetical protein:hypothetical protein:<-<-:1846509..1846862 354 taattattttgcctcaattctaataaaataaattaattgtttcaatatacaattaattacgacataatacttaaaactatgcataccattaatacaatattttctatttctaaaatacttataatacttctaatagctattcataattactagccaatccagttatcattgaattgattggtaaaatcctagataagctattttgttttctaagtatattaaatatctattaatgaataaatttcgataaatatattactaattttatttaaccccgcgcgaagcgtcaacctaacttccgcttaaccagcatttgcggctcgcccgcaatgtcaggttgaagcgggtgttaga Intra-Species Hit: Count: 0 Inter-species Hit: Count: 0 Find is-aa database================================================ Query_seq: TDE1810:TDE1811|TDE1810:TDE1811:hypothetical protein:hypothetical protein:<-<-:1846509..1846862 354 taattattttgcctcaattctaataaaataaattaattgtttcaatatacaattaattacgacataatacttaaaactatgcataccattaatacaatattttctatttctaaaatacttataatacttctaatagctattcataattactagccaatccagttatcattgaattgattggtaaaatcctagataagctattttgttttctaagtatattaaatatctattaatgaataaatttcgataaatatattactaattttatttaaccccgcgcgaagcgtcaacctaacttccgcttaaccagcatttgcggctcgcccgcaatgtcaggttgaagcgggtgttaga Intra-Species Hit: Count: 0 Inter-species Hit: Count: 0 Find nr database================================================ Query_seq: TDE1810:TDE1811|TDE1810:TDE1811:hypothetical protein:hypothetical protein:<-<-:1846509..1846862 354 taattattttgcctcaattctaataaaataaattaattgtttcaatatacaattaattacgacataatacttaaaactatgcataccattaatacaatattttctatttctaaaatacttataatacttctaatagctattcataattactagccaatccagttatcattgaattgattggtaaaatcctagataagctattttgttttctaagtatattaaatatctattaatgaataaatttcgataaatatattactaattttatttaaccccgcgcgaagcgtcaacctaacttccgcttaaccagcatttgcggctcgcccgcaatgtcaggttgaagcgggtgttaga Intra-Species Hit: Count: 0 Inter-species Hit: Count: 0 taattattttgcctcaattctaataaaataaattaattgtttcaatatacaattaattacgacataatacttaaaactatgcataccattaatacaatattttctatttctaaaatacttataatacttctaatagctattcataattactagccaatccagttatcattgaattgattggtaaaatcctagataagctattttgttttctaagtatattaaatatctattaatgaataaatttcgataaatatattactaattttatttaaccccgcgcgaagcgtcaacctaacttccgcttaaccagcatttgcggctcgcccgcaatgtcaggttgaagcgggtgttaga Predict ORF larger than 30AA ================================================ Protein_Len: 38 Strand: + Start: 37 End: 150 .................................... M F Q Y T I N Y D I I L K T M H T I N T I F S I S K I L I I L L I A I H N Y ............................................................................................................................................................................................................ taattattttgcctcaattctaataaaataaattaattgtttcaatatacaattaattacgacataatacttaaaactatgcataccattaatacaatattttctatttctaaaatacttataatacttctaatagctattcataattactagccaatccagttatcattgaattgattggtaaaatcctagataagctattttgttttctaagtatattaaatatctattaatgaataaatttcgataaatatattactaattttatttaaccccgcgcgaagcgtcaacctaacttccgcttaaccagcatttgcggctcgcccgcaatgtcaggttgaagcgggtgttaga Predict Promoter with matrix: RpoD-15 score > 80================================================ Predict Promoter with matrix: RpoD-16 score > 80================================================ Predict Promoter with matrix: RpoD-17 score > 80================================================ PromScan Matrix: RpoD-17 Strand: - Score: 86 Start: 17 End: 46 ................ATTGAAACAATTAATTTATTTTATTAGAAT.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... PromScan Matrix: RpoD-17 Strand: - Score: 85 Start: 262 End: 291 .....................................................................................................................................................................................................................................................................GTTGACGCTTCGCGCGGGGTTAAATAAAAT............................................................... Predict Promoter with matrix: RpoD-18 score > 80================================================ Predict Promoter with matrix: RpoD-19 score > 80================================================ Predict Promoter with matrix: RpoN score > 80================================================ taattattttgcctcaattctaataaaataaattaattgtttcaatatacaattaattacgacataatacttaaaactatgcataccattaatacaatattttctatttctaaaatacttataatacttctaatagctattcataattactagccaatccagttatcattgaattgattggtaaaatcctagataagctattttgttttctaagtatattaaatatctattaatgaataaatttcgataaatatattactaattttatttaaccccgcgcgaagcgtcaacctaacttccgcttaaccagcatttgcggctcgcccgcaatgtcaggttgaagcgggtgttaga Predict TransTerm conf > 70================================================ Find igs database================================================ Query_seq: TDE1810:TDE1811|TDE1810:TDE1811:hypothetical protein:hypothetical protein:<-<-:1846509..1846862 354 taattattttgcctcaattctaataaaataaattaattgtttcaatatacaattaattacgacataatacttaaaactatgcataccattaatacaatattttctatttctaaaatacttataatacttctaatagctattcataattactagccaatccagttatcattgaattgattggtaaaatcctagataagctattttgttttctaagtatattaaatatctattaatgaataaatttcgataaatatattactaattttatttaaccccgcgcgaagcgtcaacctaacttccgcttaaccagcatttgcggctcgcccgcaatgtcaggttgaagcgggtgttaga Intra-Species Hit: Count: 1 Min: 1 Max: 354 Len: 354 Subject: NC_002967_TDE1810_TDE1811|hypothetical protein:hypothetical protein|NEGATIVE:NEGATIVE|[1846509,1846862]|354 HSP 1 e-value: 0.0 bit: 702.0 Len: 354 Query Start:1 Query End:354 Subject Strand: POSITIVE Subject Start: 1 Subject End: 354 taattattttgcctcaattctaataaaataaattaattgtttcaatatacaattaattacgacataatacttaaaactatgcataccattaatacaatattttctatttctaaaatacttataatacttctaatagctattcataattactagccaatccagttatcattgaattgattggtaaaatcctagataagctattttgttttctaagtatattaaatatctattaatgaataaatttcgataaatatattactaattttatttaaccccgcgcgaagcgtcaacctaacttccgcttaaccagcatttgcggctcgcccgcaatgtcaggttgaagcgggtgttaga taattattttgcctcaattctaataaaataaattaattgtttcaatatacaattaattacgacataatacttaaaactatgcataccattaatacaatattttctatttctaaaatacttataatacttctaatagctattcataattactagccaatccagttatcattgaattgattggtaaaatcctagataagctattttgttttctaagtatattaaatatctattaatgaataaatttcgataaatatattactaattttatttaaccccgcgcgaagcgtcaacctaacttccgcttaaccagcatttgcggctcgcccgcaatgtcaggttgaagcgggtgttaga Inter-species Hit: Count: 0 Predict Forward Strand Minimun Free Energy by RNAFold (ViennaRNA) ================================================ UAAUUAUUUUGCCUCAAUUCUAAUAAAAUAAAUUAAUUGUUUCAAUAUACAAUUAAUUACGACAUAAUACUUAAAACUAUGCAUACCAUUAAUACAAUAUUUUCUAUUUCUAAAAUACUUAUAAUACUUCUAAUAGCUAUUCAUAAUUACUAGCCAAUCCAGUUAUCAUUGAAUUGAUUGGUAAAAUCCUAGAUAAGCUAUUUUGUUUUCUAAGUAUAUUAAAUAUCUAUUAAUGAAUAAAUUUCGAUAAAUAUAUUACUAAUUUUAUUUAACCCCGCGCGAAGCGUCAACCUAACUUCCGCUUAACCAGCAUUUGCGGCUCGCCCGCAAUGUCAGGUUGAAGCGGGUGUUAGA ......((((((.........((((((((.((((((((((........))))))))))............................((((((((..(((((.........(((.(((((((.((.((....(((((((..((..........(((((((...(((....)))...))))))).........))..)))))))..)).)).))))))).)))))))).))))))))..........................)))))))).........)))))).......(((((.(((((((((((.(((((.((((.....)))))))))..))))).)))))).))))). (-71.88) Predict Reverse Strand Minimun Free Energy by RNAFold (ViennaRNA) ================================================ UCUAACACCCGCUUCAACCUGACAUUGCGGGCGAGCCGCAAAUGCUGGUUAAGCGGAAGUUAGGUUGACGCUUCGCGCGGGGUUAAAUAAAAUUAGUAAUAUAUUUAUCGAAAUUUAUUCAUUAAUAGAUAUUUAAUAUACUUAGAAAACAAAAUAGCUUAUCUAGGAUUUUACCAAUCAAUUCAAUGAUAACUGGAUUGGCUAGUAAUUAUGAAUAGCUAUUAGAAGUAUUAUAAGUAUUUUAGAAAUAGAAAAUAUUGUAUUAAUGGUAUGCAUAGUUUUAAGUAUUAUGUCGUAAUUAAUUGUAUAUUGAAACAAUUAAUUUAUUUUAUUAGAAUUGAGGCAAAAUAAUUA ..((((.(((((.((((((((((.((((((.....))))))..(((.....)))....)))))))))).((...))))))))))).(((..(((((((..((((((.((...(((((((....))))))).(((((.(((((((.((.((..((((((.......((......)).....(((((.((((.(((((.....))))).))))))))).))))))....)).)).))))))).)))))....))))))))..)))))))..))).....(((((((.....(((..((((((((((((........)))))))).))))..))).....))))))).......... (-81.90) Find mRNA Target Using Conserved IGS================================================ 5'END mRNA Target Prediction=================================== Score srna_start srna_end target_start tegart_end seq_id 943 350 301 180 131 NC_002967:TDE1836|5end_hypothetical_protein_1869443..1869673_NEGATIVE 943 350 301 184 135 NC_002967:TDE1827|5end_hydrolase,_carbon-nitrogen_family_1860830..1861060_NEGATIVE 943 350 301 188 139 NC_002967:TDE0267|5end_HAM1_protein_299108..299338_NEGATIVE 894 350 301 200 151 NC_002967:TDE1820|5end_hypothetical_protein_1854692..1854922_NEGATIVE 887 350 301 201 153 NC_002967:TDE1796|5end_hypothetical_protein_1835515..1835745_NEGATIVE 870 350 301 217 168 NC_002967:TDE1831|5end_hypothetical_protein_1865032..1865262_NEGATIVE 870 350 301 198 149 NC_002967:TDE1823|5end_hypothetical_protein_1856990..1857220_NEGATIVE 870 350 301 182 133 NC_002967:TDE1817|5end_hypothetical_protein_1852599..1852829_NEGATIVE 870 350 301 217 168 NC_002967:TDE1797|5end_hypothetical_protein_1836272..1836502_NEGATIVE 870 350 301 170 121 NC_002967:TDE1795|5end_funZ_protein,_putative_1834673..1834903_NEGATIVE 869 350 301 231 182 NC_002967:TDE1790|5end_hypothetical_protein_1828007..1828237_NEGATIVE 854 350 301 179 128 NC_002967:TDE1803|5end_hypothetical_protein_1839270..1839500_NEGATIVE 821 350 301 177 128 NC_002967:TDE1839|5end_hypothetical_protein_1871221..1871451_NEGATIVE 821 350 301 202 153 NC_002967:TDE1832|5end_hypothetical_protein_1865921..1866151_NEGATIVE 793 350 301 177 128 NC_002967:TDE1822|5end_hypothetical_protein_1855922..1856152_NEGATIVE 789 350 301 231 182 NC_002967:TDE1813|5end_hypothetical_protein_1848249..1848479_NEGATIVE 789 350 301 187 138 NC_002967:TDE1791|5end_hypothetical_protein_1828775..1829005_NEGATIVE 706 340 292 227 179 NC_002967:TDE1799|5end_hypothetical_protein_1837264..1837494_NEGATIVE 681 90 41 181 132 NC_002967:TDE1810|5end_hypothetical_protein_1846418..1846648_NEGATIVE 676 350 301 191 141 NC_002967:TDE0262|5end_hypothetical_protein_296300..296530_NEGATIVE 3'END mRNA Target Prediction=================================== Score srna_start srna_end target_start tegart_end seq_id 943 350 301 81 32 NC_002967:TDE1837|3end_hypothetical_protein_1869542..1869692_NEGATIVE 943 350 301 80 31 NC_002967:TDE1828|3end_hypothetical_protein_1860934..1861084_NEGATIVE 943 350 301 82 33 NC_002967:TDE1812|3end_hypothetical_protein_1847580..1847730_NEGATIVE 943 350 301 73 24 NC_002967:TDE1787|3end_hypothetical_protein_1826378..1826528_NEGATIVE 943 350 301 91 42 NC_002967:TDE1780|3end_hypothetical_protein_1822183..1822333_NEGATIVE 943 350 301 77 28 NC_002967:TDE0268|3end_hypothetical_protein_299219..299369_NEGATIVE 924 350 301 86 37 NC_002967:TDE1806|3end_hypothetical_protein_1843190..1843340_NEGATIVE 904 350 301 80 31 NC_002967:TDE1776|3end_hypothetical_protein_1818414..1818564_NEGATIVE 894 350 301 77 28 NC_002967:TDE1821|3end_hypothetical_protein_1854815..1854965_NEGATIVE 894 350 301 82 33 NC_002967:TDE1808|3end_hypothetical_protein_1844084..1844234_NEGATIVE 892 350 301 108 59 NC_002967:TDE1815|3end_hypothetical_protein_1849458..1849608_NEGATIVE 887 350 301 61 13 NC_002967:TDE1831|3end_hypothetical_protein_1864415..1864565_NEGATIVE 887 350 301 61 13 NC_002967:TDE1797|3end_hypothetical_protein_1835655..1835805_NEGATIVE 870 350 301 91 42 NC_002967:TDE1843|3end_hypothetical_protein_1872199..1872349_NEGATIVE 870 350 301 77 28 NC_002967:TDE1832|3end_hypothetical_protein_1865172..1865322_NEGATIVE 870 350 301 77 28 NC_002967:TDE1796|3end_hypothetical_protein_1834766..1834916_NEGATIVE 840 350 301 82 33 NC_002967:TDE1789|3end_hypothetical_protein_1827338..1827488_NEGATIVE 832 350 301 91 42 NC_002967:TDE1793|3end_hydrolase,_carbon-nitrogen_family_1829957..1830107_NEGATIVE 828 350 301 75 26 NC_002967:TDE0097|3end_hypothetical_protein_114801..114951_POSITIVE 821 350 301 74 25 NC_002967:TDE1840|3end_hypothetical_protein_1871324..1871474_NEGATIVE